Sin embargo, es con el filósofo griego Plotino que la Academia Neoplatónica alcanzó su pleno esplendor.
La influencia de la Academia Neoplatónica en la filosofía, la religión y la cultura occidental fue profunda.
Además, la filosofía neoplatónica influyó en el desarrollo del cristianismo primitivo, especialmente en la formulación de la doctrina trinitaria.
La Academia Neoplatónica se mantuvo activa durante varios siglos, pero en el año 529 d. C., el emperador Justiniano I ordenó el cierre de todas las escuelas filosóficas paganas, incluida la Academia de Atenas.
Este evento marcó el fin de una era en la filosofía antigua y el ascenso del pensamiento religioso en la Europa medieval.