Su objetivo es lograr calidad humanística en los médicos.
La primera Directiva estuvo presidida por el Dr. Raúl Murgueytio, médico dermatólogo especializado en Estados Unidos.
La organización coopera con el Consejo Nacional de Salud y con el Estado Ecuatoriano en el estudio y solución de los problmas de salud de país y mantiene vínculos con organismos similares, tanto a nivel nacional como internacional.
La Academia Ecuatoriana de Medicina tiene en la actualidad una Biblioteca que lleva el nombre Rodrigo Fierro Benítez, expresidente de la AEM, quien fuera Ministro de Salud Pública del Ecuador en la Presidencia del abogado Jaime Roldós Aguilera (1979-1981).
En la historia del Ecuador hay personajes como Eugenio Espejo, considerado el Primer Bibliotecario de la Biblioteca Nacional, gracias al legado dejado por los jesuitas luego de la expulsión de América en el año de 1767; en otros médicos han dedicado su vida a la recolección de datos y han realizado un aporte importante a la bibliografía Nacional de las ciencias en general y de la medicina en particular como Luis A. León Vinueza, Mauro Madero, Francisco Parra Gil, Plutarco Naranjo Vargas, Eduardo Estrella Aguirre,[2] Edison Calvachi Cruz[3] y el mismo Dr. Rodrigo Fierro Benítez quien recopila bibliografía médica nacional y Bibliografía Científica Médica publicada en el exterior en 1995.