Hijo del también médico de origen vasco, Toribio Ayerza.

Fue un católico fervoroso, casado con Adela Arning y padre de 11 hijos.

El profesor Jaccoud le introdujo en la nosología ordenada y en el análisis lógico cartesiano.

Ayerza fue pionero en dar a conocer la medicina argentina en el exterior, mediante trabajos como su descripción del corazón pulmonar crónico con anoxemia, también denominado de cardíacos negros, y en cuyo honor es designado como Enfermedad de Ayerza en los tratados de cardiología.

En 1932, su hijo Abel Ayerza Arning sería secuestrado y asesinado por integrantes de la mafia de Juan Galiffi, teniendo este suceso una gran repercusión pública.