En esta etapa se comprobó que la vacuna Abdala desarrolla una actividad inmunitaria contra el COVID-19.

En esta etapa se aplicaron protocolos científicos aleatoriedad, control con placebo y doble ciego.

[12]​ Dicha decisión se realizó por parte del gobierno cubano ante la emergencia sanitaria en la isla.

[17]​ Sin embargo, para que la OMS certifique la efectividad y seguridad de la vacuna, debe ser estudiada y comprobada por pares independientes que entregarán la documentación a la OMS.

[25]​ Otro ensayo con fondos del Centro de Ingeniería Genética y Biotecnología en las fase 1-2 realizado de manera aleatorizada, con protocolo doble ciego y controlado con placebo en el Hospital “Saturnino Lora”, Santiago de Cuba, demostró que Abdala es una vacuna segura, bien tolerada e indujo respuestas inmunitarias humorales.

Por lo que queda en duda la efectividad de esta vacuna contra la variante Omicron o posteriores.

[29]​ El organismo criticó que los resultados preliminares de la Abdala fuesen publicados en medios estatales diciendo que para que una vacuna tenga credibilidad, los datos sobre su efectividad debían ser publicados «en revistas científicas de reconocido prestigio».