La aplicación del método doble ciego en ensayos clínicos se considera esencial para la fiabilidad de los resultados.
En el caso de usar el método doble ciego, tras la asignación aleatoria, la clave que identifica a los sujetos y al grupo al que pertenecen es guardada por terceros y no se entrega a los investigadores hasta que no se han registrado todos los datos del estudio.
[14] También resulta difícil utilizar el método doble ciego para estudiar intervenciones quirúrgicas, ya que realizar una incisión para simular una cirugía falsa puede contravenir la deontología profesional.
Se ha estimado que el desenmascaramiento, aunque sea en poca proporción, puede resultar en una sobreestimación del efecto experimental o en incremento de falsos positivos.
[15][9] El CONSORT recomienda que todos los estudios de doble ciego incorporen como buena práctica una evaluación y una declaración de los posibles desenmascaramientos que se hayan podido surgir durante su desarrollo.