La abadía tomó importancia considerable alrededor del milenio a través de su influencia en toda la Provenza.

Éste ha sido un tema de controversia durante muchos años, ya que puede, según la interpretación, demostrar la antigüedad del martirologio marsellés.

Como las Instructions cénobitiques ou les conférences des pères,[10]​ sus obras tienen un reconocimiento muy alto y fueron recomendadas por San Benito a sus discípulos.

La abadía ya no tenía bienes en propiedad y se fusionó a la iglesia episcopal de Marsella cuyos prelados la regentaron.

4]​ Esta instalación de benedictinos inauguró un periodo brillante para San Víctor, entraron hombres notables como los abades Guifred Wilfred (1005-1020) e Isarn (1020-1047).

1]​ En Marsella, toda la parte sur del Puerto Viejo perteneció a los monjes, y en especial la zona sur-este hasta la actual calle Beauvau, donde se encontraban las ricas salinas, que las conservaron hasta que Francisco I, en el año 1518 las anexó para agrandar el arsenal de galeras.

1]​ Esta exención de la jurisdicción del obispo fue confirmada por los papas siguientes, dando un mandato a la abadía para reformar muchos monasterios antiguos.

[24]​ Sin embargo, a la muerte de Gregorio VII, los monasterios reformados por San Víctor recuperaron su independencia.

La abadía debió recurrir a préstamos y se encontró en el último cuarto del siglo XII con grandes deudas.

4]​ La muerte en 1192 del vizconde de Marsella, Geoffrey Raymond III, llamado Barral, que no tenía ningún heredero varón, produjo un verdadero embrollo político-religioso.

Por último, la abadía realizó un acuerdo con el municipio, que reconoció sus derechos y obtuvo una renta anual retroactiva por seis años.

[27]​ El abad permitió cultivar viñas, plantar un jardín y construir una capilla que luego se convirtió en Notre-Dame de la Garde.

[32]​ Urbano V confirmó la liberación de la jurisdicción episcopal, San Víctor pasó a depender directamente del papa.

1]​ A partir del siglo XVI, los monjes infringieron la norma de su fundador San Benito.

Una bula les autorizó a llevar, sólo fuera del templo, un escapulario como único signo religioso.

Según Joseph Marchant, si la iglesia se conservó fue gracias a la protección de los propios presos.

Este porche es muy sobrio; la bóveda muy convexa se apoya en dos potentes arcos ojivales de sección rectangular, sin clave, que vuelven a descansar sobre pilares con aristas vivas insertados en los ángulos.

La ornamentación se simplifica al máximo en el centro, con una cruz latina colocada en un compartimento rectangular encuadrado por los dos grandes paneles con estrígiles.[VA.

Las bóvedas con crucerías ojivales inicialmente estaban previstas para todos los techos, pero para la nave el arquitecto prefirió adoptar unas lisas, dejando inutilizadas las columnas que debían recibir la sustentación del arranque de los nervios de las bóvedas; la nave evoca así la época románica.

En el siglo XVII se realizó una iluminación directa de la nave taladrando las bóvedas para abrir unas ventanas.

Al fondo del crucero sur se expone una tabla de Papety que representa a San José y el Niño Jesús, mientras que el crucero norte está decorado por una tabla del pintor catalán Michel Serre representando la Virgen.

El ábside es de cinco lados y está flanqueado, exteriormente, por cuatro grandes contrafuertes escarpados.

Del mismo modo, sobre cada circunferencia, una inscripción más pequeña está grabada con una T, así como el báculo pastoral.

En el centro, Cristo está representado en un medallón transportado por dos ángeles alados; se encuentra sentado con un libro abierto.

15]​ Esta estela funeraria de la segunda mitad del siglo II, se descubrió en la reutilización para la albañilería medieval.

La fórmula funeraria DM grabada en el interior de un semicírculo significa que está dedicado a los dioses manes, según la mitología romana protectores del hogar.

[53]​ La Virgen María se presenta, coronada y con velo, en un trono en majestad, sosteniendo con la mano izquierda al niño Jesús sobre sus rodillas.

[54]​ Sobre el bajo relieve, María Magdalena está representada apoyada en una roca, al pie de la cual se encuentra un cráneo.

Las cuatro columnas de la cara septentrional del atrio también fueron sustituidas por tambores cilíndricos demasiado gruesos.[Be.

Según este autor, esta práctica recuerda que María tuvo el privilegio de poder parir siendo virgen, el usar la cera verde estaba reservado a los condes de Provenza para poder sellar los pergaminos donde confirmaban un privilegio.