[5] En los dos años siguientes, una intensa actividad conspiratoria ocurrió en los cuarteles de la 2° Región Militar previendo un posible levantamiento en São Paulo.
[7] Aun así, mantuvo a los comandantes de sus unidades bajo vigilancia constante y transmitió la información que recibía sobre la conspiración al gobierno del estado (ocupado por Washington Luís y luego Carlos de Campos).
Con toda la fuerza de su posición en la jerarquía, Noronha les ordenó descargar sus armas y volver, bajo arresto, al 4º CB.
El teniente Asdrúbal Gwyer de Azevedo, con revólver en mano, ordenó detener al general, pero éste no aceptó.
El enfrentamiento continuó hasta la llegada del líder de la revuelta, el general Isidoro Dias Lopes, y del coronel João Francisco Pereira de Souza, quienes insistieron a Noronha: "usted está arrestado, general: si Pedro II lo estuvo, ¿por qué usted no puede estarlo?"".
Isidoro, un conocido suyo, dejó a Noronha preso con sus oficiales en el Cuerpo Escolar, porque no aceptaba estar bajo órdenes en su residencia.
Tras leer las exigencias de Isidoro, que incluían la dimisión del presidente, Noronha se negó a participar, ya que para él habría sido un "golpe de bayoneta a la soberanía nacional".
No obstante, le acusaron de negligencia, citando sus "excesos que la larga investigación criminal contenida en las pesquisas desmiente categóricamente".