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Estructura proteica

Protein primary structureProtein secondary structureProtein tertiary structureProtein quaternary structure
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Este diagrama (que es interactivo) de la estructura de la proteína utiliza PCNA como ejemplo. ( PDB : 1AXC ​)

La estructura de una proteína es la disposición tridimensional de los átomos en una molécula de cadena de aminoácidos . Las proteínas son polímeros  –específicamente polipéptidos–  formados a partir de secuencias de aminoácidos , que son los monómeros del polímero. Un monómero de un solo aminoácido también puede denominarse residuo , lo que indica una unidad repetida de un polímero. Las proteínas se forman a partir de aminoácidos que experimentan reacciones de condensación , en las que los aminoácidos pierden una molécula de agua por reacción para unirse entre sí mediante un enlace peptídico . Por convención, una cadena de menos de 30 aminoácidos suele identificarse como un péptido , en lugar de una proteína. [1] Para poder realizar su función biológica, las proteínas se pliegan en una o más conformaciones espaciales específicas impulsadas por una serie de interacciones no covalentes , como enlaces de hidrógeno , interacciones iónicas , fuerzas de Van der Waals y empaquetamiento hidrofóbico . Para comprender las funciones de las proteínas a nivel molecular, muchas veces es necesario determinar su estructura tridimensional . Este es el tema del campo científico de la biología estructural , que emplea técnicas como la cristalografía de rayos X , la espectroscopia de RMN , la microscopía crioelectrónica (crio-EM) y la interferometría de polarización dual , para determinar la estructura de las proteínas.

Las estructuras de las proteínas varían en tamaño desde decenas hasta varios miles de aminoácidos. [2] Por tamaño físico, las proteínas se clasifican como nanopartículas , entre 1 y 100 nm. Se pueden formar complejos proteicos muy grandes a partir de subunidades proteicas . Por ejemplo, muchos miles de moléculas de actina se ensamblan formando un microfilamento .

Una proteína suele sufrir cambios estructurales reversibles al realizar su función biológica. Las estructuras alternativas de una misma proteína se denominan conformaciones diferentes , y las transiciones entre ellas se denominan cambios conformacionales .

Niveles de estructura proteica.

Hay cuatro niveles distintos de estructura proteica.

Cuatro niveles de estructura proteica.

Estructura primaria

La estructura primaria de una proteína se refiere a la secuencia de aminoácidos en la cadena polipeptídica. La estructura primaria se mantiene unida mediante enlaces peptídicos que se forman durante el proceso de biosíntesis de proteínas . Los dos extremos de la cadena polipeptídica se denominan extremo carboxilo (terminal C) y extremo amino (terminal N) según la naturaleza del grupo libre en cada extremo. El recuento de residuos siempre comienza en el extremo N-terminal (grupo NH2 ) , que es el extremo donde el grupo amino no participa en un enlace peptídico. La estructura primaria de una proteína está determinada por el gen correspondiente a la proteína. Una secuencia específica de nucleótidos del ADN se transcribe en ARNm , que el ribosoma lee en un proceso llamado traducción . La secuencia de aminoácidos de la insulina fue descubierta por Frederick Sanger , estableciendo que las proteínas tienen secuencias de aminoácidos definitorias. [3] [4] La secuencia de una proteína es exclusiva de esa proteína y define la estructura y función de la proteína. La secuencia de una proteína se puede determinar mediante métodos como la degradación de Edman o la espectrometría de masas en tándem . Sin embargo, a menudo se lee directamente de la secuencia del gen utilizando el código genético . Se recomienda estrictamente utilizar las palabras "residuos de aminoácidos" cuando se habla de proteínas porque cuando se forma un enlace peptídico, se pierde una molécula de agua y, por lo tanto, las proteínas están formadas por residuos de aminoácidos. Las modificaciones postraduccionales, como las fosforilaciones y las glicosilaciones, generalmente también se consideran parte de la estructura primaria y no se pueden leer en el gen. Por ejemplo, la insulina está compuesta por 51 aminoácidos en 2 cadenas. Una cadena tiene 31 aminoácidos y la otra tiene 20 aminoácidos.

Estructura secundaria

Una hélice α con enlaces de hidrógeno (puntos amarillos)

La estructura secundaria se refiere a subestructuras locales muy regulares en la cadena principal polipeptídica real. Linus Pauling sugirió en 1951 dos tipos principales de estructura secundaria, la hélice α y la cadena β o láminas β . [5] Estas estructuras secundarias están definidas por patrones de enlaces de hidrógeno entre los grupos peptídicos de la cadena principal. Tienen una geometría regular, estando restringidos a valores específicos de los ángulos diédricos ψ y φ en el gráfico de Ramachandran . Tanto la hélice α como la lámina β representan una forma de saturar todos los donantes y aceptores de enlaces de hidrógeno en la cadena principal del péptido. Algunas partes de la proteína están ordenadas pero no forman estructuras regulares. No deben confundirse con la espiral aleatoria , una cadena polipeptídica desplegada que carece de estructura tridimensional fija. Varias estructuras secundarias secuenciales pueden formar una " unidad supersecundaria ". [6]

Estructura terciaria

La estructura terciaria se refiere a la estructura tridimensional creada por una sola molécula de proteína (una sola cadena polipeptídica ). Puede incluir uno o varios dominios . Las hélices α y las láminas plisadas β se pliegan en una estructura globular compacta . El plegamiento es impulsado por interacciones hidrófobas no específicas , el enterramiento de residuos hidrófobos del agua , pero la estructura es estable sólo cuando las partes de un dominio proteico están fijadas en su lugar mediante interacciones terciarias específicas , como puentes salinos , enlaces de hidrógeno, y el apretado empaquetamiento de cadenas laterales y enlaces disulfuro . Los enlaces disulfuro son extremadamente raros en las proteínas citosólicas, ya que el citosol (líquido intracelular) es generalmente un ambiente reductor .

Estructura cuaternaria

La estructura cuaternaria es la estructura tridimensional que consiste en la agregación de dos o más cadenas polipeptídicas individuales (subunidades) que operan como una única unidad funcional ( multímero ). El multímero resultante se estabiliza mediante las mismas interacciones no covalentes y enlaces disulfuro que en la estructura terciaria. Hay muchas organizaciones posibles de estructura cuaternaria. [7] Los complejos de dos o más polipéptidos (es decir, múltiples subunidades) se denominan multímeros . En concreto, se llamaría dímero si contiene dos subunidades, trímero si contiene tres subunidades, tetrámero si contiene cuatro subunidades y pentámero si contiene cinco subunidades, y así sucesivamente. Las subunidades frecuentemente están relacionadas entre sí mediante operaciones de simetría , como un eje doble en un dímero. Los multímeros formados por subunidades idénticas se denominan con el prefijo "homo-" y los formados por subunidades diferentes se denominan con el prefijo "hetero-", por ejemplo, un heterotetrámero, como los dos alfa y los dos beta. cadenas de hemoglobina .

Dominios, motivos y pliegues en la estructura de las proteínas.

Dominios proteicos. Las dos estructuras proteicas mostradas comparten un dominio común (granate), el dominio PH , que participa en la unión del fosfatidilinositol (3,4,5)-trifosfato.

Con frecuencia se describe que las proteínas constan de varias unidades estructurales. Estas unidades incluyen dominios, motivos y pliegues. A pesar de que hay alrededor de 100.000 proteínas diferentes expresadas en sistemas eucariotas , hay muchos menos dominios, motivos estructurales y pliegues diferentes.

Dominio estructural

Un dominio estructural es un elemento de la estructura general de la proteína que se autoestabiliza y, a menudo, se pliega independientemente del resto de la cadena proteica. Muchos dominios no son exclusivos de los productos proteicos de un gen o de una familia de genes , sino que aparecen en una variedad de proteínas. Los dominios a menudo reciben nombres y se destacan porque ocupan un lugar destacado en la función biológica de la proteína a la que pertenecen; por ejemplo, el " dominio de unión al calcio de la calmodulina ". Debido a que son estables de forma independiente, los dominios pueden "intercambiarse" mediante ingeniería genética entre una proteína y otra para producir proteínas quimeras . Una combinación conservadora de varios dominios que se encuentran en diferentes proteínas, como el dominio de la proteína tirosina fosfatasa y el par de dominios C2 , se denominó "un superdominio" que puede evolucionar como una sola unidad. [8]

Motivos estructurales y de secuencia.

Los motivos estructurales y de secuencia se refieren a segmentos cortos de estructura tridimensional de proteína o secuencia de aminoácidos que se encontraron en una gran cantidad de proteínas diferentes.

Estructura supersecundaria

Las estructuras de proteínas terciarias pueden tener múltiples elementos secundarios en la misma cadena polipeptídica. La estructura supersecundaria se refiere a una combinación específica de elementos de la estructura secundaria , como unidades β-α-β o un motivo hélice-giro-hélice . Algunos de ellos también pueden denominarse motivos estructurales.

Pliegue de proteínas

Un pliegue de proteína se refiere a la arquitectura general de la proteína, como un haz de hélice , un barril β , un pliegue de Rossmann o diferentes "pliegues" proporcionados en la base de datos de Clasificación estructural de proteínas . [9] Un concepto relacionado es la topología de proteínas .

Dinámica de proteínas y conjuntos conformacionales.

Las proteínas no son objetos estáticos, sino que pueblan conjuntos de estados conformacionales . Las transiciones entre estos estados suelen ocurrir a nanoescala y se han relacionado con fenómenos funcionalmente relevantes como la señalización alostérica [10] y la catálisis enzimática . [11] La dinámica de las proteínas y los cambios conformacionales permiten que las proteínas funcionen como máquinas biológicas a nanoescala dentro de las células, a menudo en forma de complejos multiproteicos . [12] Los ejemplos incluyen proteínas motoras , como la miosina , que es responsable de la contracción muscular , la cinesina , que mueve la carga dentro de las células lejos del núcleo a lo largo de los microtúbulos , y la dineína , que mueve la carga dentro de las células hacia el núcleo y produce el latido axonemal de cilios y flagelos móviles . "[E]n efecto, el [cilio móvil] es una nanomáquina compuesta quizás por más de 600 proteínas en complejos moleculares, muchas de las cuales también funcionan independientemente como nanomáquinas... Los conectores flexibles permiten que los dominios proteicos móviles conectados por ellos recluten su unión socios e inducir alosterio de largo alcance a través de la dinámica del dominio de proteínas " [13]

Vista esquemática de los dos enfoques principales de modelado de conjuntos. [14]

A menudo se piensa que las proteínas son estructuras terciarias relativamente estables que experimentan cambios conformacionales después de verse afectadas por interacciones con otras proteínas o como parte de una actividad enzimática. Sin embargo, las proteínas pueden tener distintos grados de estabilidad y algunas de las variantes menos estables son proteínas intrínsecamente desordenadas . Estas proteínas existen y funcionan en un estado relativamente "desordenado" que carece de una estructura terciaria estable . Como resultado, son difíciles de describir mediante una única estructura terciaria fija . Los conjuntos conformacionales se han ideado como una forma de proporcionar una representación más precisa y "dinámica" del estado conformacional de proteínas intrínsecamente desordenadas . [15] [14]

Los archivos de conjuntos de proteínas son una representación de una proteína que se puede considerar que tiene una estructura flexible. La creación de estos archivos requiere determinar cuál de las diversas conformaciones de proteínas teóricamente posibles existe realmente. Un enfoque consiste en aplicar algoritmos computacionales a los datos de proteínas para intentar determinar el conjunto de conformaciones más probable para un archivo de conjunto . Existen múltiples métodos para preparar datos para la base de datos Protein Ensemble que se dividen en dos metodologías generales: enfoques de dinámica molecular (MD) y de grupo (diagramados en la figura). El enfoque basado en grupos utiliza la secuencia de aminoácidos de la proteína para crear un grupo masivo de conformaciones aleatorias. Luego, este grupo se somete a más procesamiento computacional que crea un conjunto de parámetros teóricos para cada conformación en función de la estructura. Se seleccionan subconjuntos conformacionales de este grupo cuyos parámetros teóricos promedio coinciden estrechamente con los datos experimentales conocidos para esta proteína. El enfoque alternativo de dinámica molecular toma múltiples conformaciones aleatorias a la vez y las somete a todas ellas a datos experimentales. Aquí los datos experimentales sirven como limitaciones a las conformaciones (por ejemplo, distancias conocidas entre átomos). Sólo se aceptan conformaciones que logren mantenerse dentro de los límites marcados por los datos experimentales. Este enfoque a menudo aplica grandes cantidades de datos experimentales a las conformaciones, lo cual es una tarea muy exigente desde el punto de vista computacional. [14]

Los conjuntos conformacionales se generaron para una serie de proteínas altamente dinámicas y parcialmente desplegadas, como Sic1 / Cdc4 , [16] p15 PAF , [17] MKK7 , [18] Beta-sinucleína [19] y P27 [20].

Plegado de proteínas

Como se traduce, los polipéptidos salen del ribosoma principalmente como una espiral aleatoria y se pliegan a su estado nativo . [21] [22] Generalmente se supone que la estructura final de la cadena proteica está determinada por su secuencia de aminoácidos ( dogma de Anfinsen ). [23]

Estabilidad de las proteínas

La estabilidad termodinámica de las proteínas representa la diferencia de energía libre entre los estados de las proteínas plegadas y desplegadas . Esta diferencia de energía libre es muy sensible a la temperatura, por lo que un cambio de temperatura puede provocar un despliegue o desnaturalización. La desnaturalización de proteínas puede provocar pérdida de función y pérdida de su estado nativo. La energía libre de estabilización de proteínas globulares solubles normalmente no supera los 50 kJ/mol. [ cita necesaria ] Teniendo en cuenta la gran cantidad de enlaces de hidrógeno que tienen lugar para la estabilización de estructuras secundarias y la estabilización del núcleo interno a través de interacciones hidrofóbicas, la energía libre de estabilización surge como una pequeña diferencia entre grandes números. [24]

Determinación de la estructura de las proteínas.

Ejemplos de estructuras proteicas del PDB.
Tasa de determinación de la estructura de las proteínas por método y año

Alrededor del 90% de las estructuras de proteínas disponibles en el Protein Data Bank se han determinado mediante cristalografía de rayos X. [25] Este método permite medir la distribución de densidad tridimensional (3-D) de los electrones en la proteína, en el estado cristalizado , y así inferir las coordenadas tridimensionales de todos los átomos que se determinarán con una determinada resolución. . Aproximadamente el 7% de las estructuras proteicas conocidas se han obtenido mediante técnicas de resonancia magnética nuclear (RMN). [26] Para complejos proteicos más grandes, la microscopía crioelectrónica puede determinar las estructuras de las proteínas. La resolución suele ser inferior a la de la cristalografía de rayos X o RMN, pero la resolución máxima aumenta constantemente. Esta técnica sigue siendo particularmente valiosa para complejos proteicos muy grandes, como las proteínas de la cubierta viral y las fibras amiloides .

La composición general de la estructura secundaria se puede determinar mediante dicroísmo circular . La espectroscopia vibratoria también se puede utilizar para caracterizar la conformación de péptidos, polipéptidos y proteínas. [27] La ​​espectroscopía infrarroja bidimensional se ha convertido en un método valioso para investigar las estructuras de péptidos y proteínas flexibles que no se pueden estudiar con otros métodos. [28] [29] A menudo se obtiene una imagen más cualitativa de la estructura de las proteínas mediante proteólisis , que también es útil para detectar muestras de proteínas más cristalizables. Las nuevas implementaciones de este enfoque, incluida la proteólisis paralela rápida (FASTpp) , pueden probar la fracción estructurada y su estabilidad sin necesidad de purificación. [30] Una vez que se ha determinado experimentalmente la estructura de una proteína, se pueden realizar estudios más detallados computacionalmente, utilizando simulaciones dinámicas moleculares de esa estructura. [31]

Bases de datos de estructuras de proteínas.

Una base de datos de estructuras de proteínas es una base de datos que se modela en torno a las diversas estructuras de proteínas determinadas experimentalmente. El objetivo de la mayoría de las bases de datos de estructuras de proteínas es organizar y anotar las estructuras de las proteínas, proporcionando a la comunidad biológica acceso a los datos experimentales de una manera útil. Los datos incluidos en las bases de datos de estructuras de proteínas a menudo incluyen coordenadas 3D, así como información experimental, como dimensiones de celda unitaria y ángulos para estructuras determinadas por cristalografía de rayos X. Aunque la mayoría de los casos, en este caso proteínas o determinaciones estructurales específicas de una proteína, también contienen información de secuencia y algunas bases de datos incluso proporcionan medios para realizar consultas basadas en secuencias, el atributo principal de una base de datos de estructura es la información estructural, mientras que las bases de datos de secuencia se centran en información de secuencia y no contienen información estructural para la mayoría de las entradas. Las bases de datos de estructuras de proteínas son fundamentales para muchos esfuerzos en biología computacional, como el diseño de fármacos basado en estructuras , tanto para desarrollar los métodos computacionales utilizados como para proporcionar un gran conjunto de datos experimentales utilizados por algunos métodos para proporcionar información sobre la función de una proteína. [32]

Clasificaciones estructurales de proteínas.

Las estructuras de proteínas se pueden agrupar según su similitud estructural, clase topológica o un origen evolutivo común. La base de datos de Clasificación estructural de proteínas [33] y la base de datos CATH [34] proporcionan dos clasificaciones estructurales diferentes de proteínas. Cuando la similitud estructural es grande, es posible que las dos proteínas hayan divergido de un ancestro común, [35] y la estructura compartida entre proteínas se considera evidencia de homología . Luego, la similitud estructural se puede utilizar para agrupar proteínas en superfamilias de proteínas . [36] Si la estructura compartida es significativa pero la fracción compartida es pequeña, el fragmento compartido puede ser la consecuencia de un evento evolutivo más dramático, como la transferencia horizontal de genes , y ya no se justifica unir proteínas que comparten estos fragmentos en superfamilias de proteínas. [35] La topología de una proteína también se puede utilizar para clasificar proteínas. La teoría de nudos y la topología de circuitos son dos marcos topológicos desarrollados para la clasificación de pliegues de proteínas basados ​​en el cruce de cadenas y los contactos intracadena, respectivamente.

Predicción computacional de la estructura de las proteínas.

La generación de una secuencia de proteínas es mucho más fácil que la determinación de la estructura de una proteína. Sin embargo, la estructura de una proteína proporciona mucha más información sobre su función que su secuencia. Por lo tanto, se han desarrollado varios métodos para la predicción computacional de la estructura de proteínas a partir de su secuencia. [37] Los métodos de predicción ab initio utilizan solo la secuencia de la proteína. Los métodos de modelado de subprocesos y homología pueden construir un modelo tridimensional para una proteína de estructura desconocida a partir de estructuras experimentales de proteínas relacionadas evolutivamente, llamadas familia de proteínas .

Ver también

Referencias

  1. ^ Stoker HS (1 de enero de 2015). Química Orgánica y Biológica. Aprendizaje Cengage. pag. 371.ISBN​ 978-1-305-68645-8.
  2. ^ Brocchieri L, Karlin S (10 de junio de 2005). "Longitud de las proteínas en proteomas eucariotas y procarióticos". Investigación de ácidos nucleicos . 33 (10): 3390–3400. doi : 10.1093/nar/gki615. PMC 1150220 . PMID  15951512. 
  3. ^ Sanger F, Tuppy H (septiembre de 1951). "La secuencia de aminoácidos en la cadena de fenilalanilo de la insulina. I. La identificación de péptidos inferiores a partir de hidrolizados parciales". La revista bioquímica . 49 (4): 463–481. doi :10.1042/bj0490463. PMC 1197535 . PMID  14886310. 
  4. ^ Sanger F (mayo de 1959). "Química de la insulina; la determinación de la estructura de la insulina abre el camino a una mayor comprensión de los procesos vitales". Ciencia . 129 (3359): 1340-1344. Código bibliográfico : 1959 Ciencia... 129.1340G. doi : 10.1126/ciencia.129.3359.1340. PMID  13658959.
  5. ^ Pauling L, Corey RB, Branson HR (abril de 1951). "La estructura de las proteínas; dos configuraciones helicoidales de la cadena polipeptídica unidas por enlaces de hidrógeno". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 37 (4): 205–211. Código bibliográfico : 1951PNAS...37..205P. doi : 10.1073/pnas.37.4.205 . PMC 1063337 . PMID  14816373. 
  6. ^ Chiang YS, Gelfand TI, Kister AE, Gelfand IM (septiembre de 2007). "La nueva clasificación de estructuras supersecundarias de proteínas tipo sándwich descubre patrones estrictos de ensamblaje de hebras". Proteínas . 68 (4): 915–921. doi :10.1002/prot.21473. PMID  17557333. S2CID  29904865.
  7. ^ Moutevelis E, Woolfson DN (enero de 2009). "Una tabla periódica de estructuras de proteínas en espiral". Revista de biología molecular . 385 (3): 726–732. doi :10.1016/j.jmb.2008.11.028. PMID  19059267.
  8. ^ Haynie DT, Xue B (mayo de 2015). "Superdominios en la jerarquía de la estructura de proteínas: el caso de PTP-C2". Ciencia de las proteínas . 24 (5): 874–882. doi :10.1002/pro.2664. PMC 4420535 . PMID  25694109. 
  9. ^ Govindarajan S, Recabarren R, Goldstein RA (junio de 1999). "Estimación del número total de pliegues de proteínas". Proteínas . 35 (4): 408–414. doi :10.1002/(SICI)1097-0134(19990601)35:4<408::AID-PROT4>3.0.CO;2-A. hdl : 2027.42/34969 . PMID  10382668. S2CID  7147867. Archivado desde el original el 5 de enero de 2013.
  10. ^ Bu Z, Callaway DJ (2011). "¡Las proteínas se mueven! Dinámica de proteínas y alosterio de largo alcance en la señalización celular". Estructura de proteínas y enfermedades . Avances en química de proteínas y biología estructural. vol. 83. Prensa académica. págs. 163–221. doi :10.1016/B978-0-12-381262-9.00005-7. ISBN 9780123812629. PMID  21570668.
  11. ^ Fraser JS, Clarkson MW, Degnan SC, Erion R, Kern D, Alber T (diciembre de 2009). "Estructuras alternativas ocultas de prolina isomerasa esenciales para la catálisis". Naturaleza . 462 (7273): 669–673. Código Bib :2009Natur.462..669F. doi : 10.1038/naturaleza08615. PMC 2805857 . PMID  19956261. 
  12. ^ Voet D, Voet JG (2011). Bioquímica (4ª ed.). Hoboken, Nueva Jersey: John Wiley & Sons. ISBN 9780470570951. OCLC  690489261.
  13. ^ Satir P, Christensen ST (junio de 2008). "Estructura y función de los cilios de los mamíferos". Histoquímica y Biología Celular . 129 (6): 687–693. doi :10.1007/s00418-008-0416-9. PMC 2386530 . PMID  18365235. 1432-119X. 
  14. ^ abc Varadi M, Vranken W, Guharoy M, Tompa P (1 de enero de 2015). "Enfoques computacionales para inferir las funciones de proteínas intrínsecamente desordenadas". Fronteras en las biociencias moleculares . 2 : 45. doi : 10.3389/fmolb.2015.00045 . PMC 4525029 . PMID  26301226. 
  15. ^ Base de datos de conjuntos de proteínas
  16. ^ Mittag T, Marsh J, Grishaev A, Orlicky S, Lin H, Sicheri F, et al. (Marzo de 2010). "Implicaciones de estructura / función en un complejo dinámico del Sic1 intrínsecamente desordenado con la subunidad Cdc4 de una ubiquitina ligasa SCF". Estructura . 18 (4): 494–506. doi :10.1016/j.str.2010.01.020. PMC 2924144 . PMID  20399186. 
  17. ^ De Biasio A, Ibáñez de Opakua A, Cordeiro TN, Villate M, Merino N, Sibille N, et al. (Febrero 2014). "p15PAF es una proteína intrínsecamente desordenada con preferencias estructurales no aleatorias en los sitios de interacción con otras proteínas". Revista Biofísica . 106 (4): 865–874. Código Bib : 2014BpJ...106..865D. doi :10.1016/j.bpj.2013.12.046. PMC 3944474 . PMID  24559989. 
  18. ^ Kragelj J, Palencia A, Nanao MH, Maurin D, Bouvignies G, Blackledge M, Jensen MR (marzo de 2015). "Estructura y dinámica del complejo de señalización MKK7-JNK". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 112 (11): 3409–3414. Código Bib : 2015PNAS..112.3409K. doi : 10.1073/pnas.1419528112 . PMC 4371970 . PMID  25737554. 
  19. ^ Allison JR, Rivers RC, Christodoulou JC, Vendruscolo M, Dobson CM (noviembre de 2014). "Una relación entre la estructura transitoria en el estado monomérico y las propensiones de agregación de la α-sinucleína y la β-sinucleína". Bioquímica . 53 (46): 7170–7183. doi :10.1021/bi5009326. PMC 4245978 . PMID  25389903. 
  20. ^ Sivakolundu SG, Bashford D, Kriwacki RW (noviembre de 2005). "El p27Kip1 desordenado exhibe una estructura intrínseca que se asemeja a la conformación unida a Cdk2 / ciclina A". Revista de biología molecular . 353 (5): 1118-1128. doi :10.1016/j.jmb.2005.08.074. PMID  16214166.
  21. ^ Zhang G, Ignatova Z (febrero de 2011). "Plegado en el nacimiento de la cadena naciente: coordinación de la traducción con plegado cotraduccional". Opinión actual en biología estructural . 21 (1): 25–31. doi :10.1016/j.sbi.2010.10.008. PMID  21111607.
  22. ^ Alberts B , Johnson A, Lewis J, Raff M, Roberts K, Walters P (2002). "La forma y estructura de las proteínas". Biología molecular de la célula (Cuarta ed.). Nueva York y Londres: Garland Science. ISBN 978-0-8153-3218-3.
  23. ^ Anfinsen CB (julio de 1972). "La formación y estabilización de la estructura proteica". La revista bioquímica . 128 (4): 737–749. doi :10.1042/bj1280737. PMC 1173893 . PMID  4565129. 
  24. ^ Jaenicke R (enero de 1990). "Estructura y función de las proteínas a bajas temperaturas". Transacciones filosóficas de la Royal Society de Londres. Serie B, Ciencias Biológicas . 326 (1237): 535–553. Código Bib : 1990RSPTB.326..535J. doi : 10.1098/rstb.1990.0030 . JSTOR  2398703. PMID  1969647.
  25. ^ Kendrew JC, Bodo G, Dintzis HM, Parrish RG, Wyckoff H, Phillips DC (marzo de 1958). "Un modelo tridimensional de la molécula de mioglobina obtenido mediante análisis de rayos X". Naturaleza . 181 (4610): 662–666. Código Bib :1958Natur.181..662K. doi :10.1038/181662a0. PMID  13517261. S2CID  4162786.
  26. ^ "Estadísticas del PDB". 1 de octubre de 2022.
  27. ^ Krimm S, Bandekar J (1986). "Espectroscopia vibratoria y conformación de péptidos, polipéptidos y proteínas". Avances en química de proteínas Volumen 38 . vol. 38. págs. 181–364. doi :10.1016/S0065-3233(08)60528-8. ISBN 9780120342389. PMID  3541539. {{cite book}}: |journal=ignorado ( ayuda )
  28. ^ Lessing J, Roy S, Reppert M, Baer M, Marx D, Jansen TL y col. (Marzo de 2012). "Identificación de estructura residual en sistemas intrínsecamente desordenados: un estudio espectroscópico IR 2D del péptido GVGXPGVG" (PDF) . Revista de la Sociedad Química Estadounidense . 134 (11): 5032–5035. doi :10.1021/ja2114135. hdl : 11370/ff19c09b-088a-48f0-afee-2111a9b19252 . PMID  22356513.
  29. ^ Jansen TL, Knoester J (marzo de 2008). "Espectroscopia de transferencia de población infrarroja bidimensional para mejorar marcadores estructurales de proteínas". Revista Biofísica . 94 (5): 1818–1825. Código Bib : 2008BpJ....94.1818J. doi :10.1529/biophysj.107.118851. PMC 2242754 . PMID  17981904. 
  30. ^ Minde DP, Maurice MM, Rüdiger SG (2012). "Determinación de la estabilidad biofísica de las proteínas en lisados ​​mediante un ensayo de proteólisis rápida, FASTpp". MÁS UNO . 7 (10): e46147. Código Bib : 2012PLoSO...746147M. doi : 10.1371/journal.pone.0046147 . PMC 3463568 . PMID  23056252. 
  31. ^ Kumari I, Sandhu P, Ahmed M, Akhter Y (agosto de 2017). "Simulaciones, desafíos y oportunidades de dinámica molecular: la perspectiva de un biólogo". Ciencia actual de proteínas y péptidos . 18 (11): 1163-1179. doi : 10.2174/1389203718666170622074741. PMID  28637405.
  32. ^ Laskowski RA (junio de 2011). "Bases de datos de estructuras de proteínas". Biotecnología Molecular . 48 (2): 183–198. doi :10.1007/s12033-010-9372-4. PMID  21225378. S2CID  45184564.
  33. ^ Murzin AG, Brenner SE , Hubbard T , Chothia C (abril de 1995). "SCOP: una base de datos de clasificación estructural de proteínas para la investigación de secuencias y estructuras" (PDF) . Revista de biología molecular . 247 (4): 536–540. doi :10.1016/S0022-2836(05)80134-2. PMID  7723011. Archivado desde el original (PDF) el 26 de abril de 2012.
  34. ^ Orengo CA , Michie AD, Jones S, Jones DT, Swindells MB, Thornton JM (agosto de 1997). "CATH: una clasificación jerárquica de estructuras de dominios de proteínas". Estructura . 5 (8): 1093-1108. doi : 10.1016/S0969-2126(97)00260-8 . PMID  9309224.
  35. ^ ab Pascual-García A, Abia D, Ortiz AR, Bastolla U (marzo de 2009). "Cruce entre el espacio de estructura de proteínas discreta y continua: conocimientos sobre clasificación automática y redes de estructuras de proteínas". PLOS Biología Computacional . 5 (3): e1000331. Código Bib : 2009PLSCB...5E0331P. doi : 10.1371/journal.pcbi.1000331 . PMC 2654728 . PMID  19325884. 
  36. ^ Holm L, Rosenström P (julio de 2010). "Servidor Dali: mapeo de conservación en 3D". Investigación de ácidos nucleicos . 38 (problema del servidor web): W545–W549. doi : 10.1093/nar/gkq366. PMC 2896194 . PMID  20457744. 
  37. ^ Zhang Y (junio de 2008). "Avances y desafíos en la predicción de la estructura de proteínas". Opinión actual en biología estructural . 18 (3): 342–348. doi :10.1016/j.sbi.2008.02.004. PMC 2680823 . PMID  18436442. 

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