Una estructura supersecundaria es una estructura proteica tridimensional compacta formada por varios elementos adyacentes de una estructura secundaria que es más pequeña que un dominio proteico o una subunidad . Las estructuras supersecundarias pueden actuar como nucleaciones en el proceso de plegamiento de proteínas .
Una horquilla helicoidal, también conocida como horquilla alfa-alfa, está compuesta por dos hélices alfa antiparalelas conectadas por un bucle de dos o más residuos. Fiel a su nombre, se parece a una horquilla. Un bucle más largo tiene un mayor número de conformaciones posibles. Si hebras cortas conectan las hélices, entonces las hélices individuales se empaquetarán entre sí a través de sus residuos hidrofóbicos. Se desconoce la función de una horquilla helicoidal; sin embargo, un haz de cuatro hélices está compuesto por dos horquillas helicoidales, que tienen importantes sitios de unión de ligandos. [1]
Un vértice de hélice, también llamado vértice alfa-alfa, tiene dos hélices alfa casi en ángulo recto entre sí conectadas por un "bucle" corto. Este bucle se forma a partir de un residuo hidrófobo . Se desconoce la función de un vértice de hélice. [1]
La estructura hélice-bucle-hélice tiene dos hélices conectadas por un "bucle". Son bastante comunes y suelen unir ligandos . Por ejemplo, el calcio se une a los grupos carboxilo de las cadenas laterales dentro de la región del bucle entre las hélices. [1]
El motivo hélice-giro-hélice es importante para la unión del ADN y, por lo tanto, se encuentra presente en muchas proteínas que se unen al ADN. [1]
Una horquilla beta es un motivo supersecundario común compuesto por dos cadenas beta antiparalelas conectadas por un bucle. La estructura se asemeja a una horquilla y se encuentra a menudo en proteínas globulares.
El bucle entre las cadenas beta puede tener entre 2 y 16 residuos. Sin embargo, la mayoría de los bucles contienen menos de siete residuos. [2] Los residuos en las horquillas beta con bucles de 2, 3 o 4 residuos tienen conformaciones distintas. Sin embargo, se puede observar una amplia gama de conformaciones en bucles más largos, que a veces se denominan "bobinas aleatorias". Un meandro beta consiste en cadenas beta antiparalelas consecutivas unidas por horquillas. [3]
Los bucles de dos residuos se denominan giros beta o giros inversos. Los giros inversos de tipo I' y tipo II' son los más frecuentes porque tienen menos impedimento estérico que los de tipo I y tipo II. Se desconoce la función de las horquillas beta. [2]
Una horquilla beta tiene dos hebras beta antiparalelas que forman un ángulo de aproximadamente 90 grados entre sí. Está formada por una horquilla beta que cambia de dirección, con una hebra que tiene un residuo de glicina y la otra hebra que tiene una protuberancia beta . Las esquinas beta no tienen ninguna función conocida. [2]
Un motivo de clave griega tiene cuatro características:
El motivo de la llave griega recibe su nombre porque su estructura se parece al patrón que se ve en las urnas griegas. Este motivo no tiene ninguna función conocida.
Las láminas β (compuestas de múltiples cadenas β individuales unidas por enlaces de hidrógeno) a veces se consideran una estructura secundaria o supersecundaria.
Un motivo beta-alfa-beta está compuesto por dos cadenas beta unidas por una hélice alfa a través de bucles de conexión. Las cadenas beta son paralelas y la hélice también es casi paralela a las cadenas. Esta estructura se puede observar en casi todas las proteínas con cadenas paralelas. Los bucles que conectan las cadenas beta y la hélice alfa pueden variar en longitud y, a menudo, unen ligandos.
Las hélices beta-alfa-beta pueden ser levógiras o dextrógiras. Cuando se observan desde el lado N-terminal de las hebras beta, de modo que una hebra esté sobre la otra, un motivo beta-alfa-beta levógiro tiene la hélice alfa en el lado izquierdo de las hebras beta. El motivo dextrógiro más común tendría una hélice alfa en el lado derecho del plano que contiene las hebras beta. [4]
Los pliegues de Rossman, llamados así por Michael Rossman , constan de 3 cadenas beta y 2 hélices en forma alternada: cadena beta, hélice, cadena beta, hélice, cadena beta. Este motivo tiende a invertir la dirección de la cadena dentro de una proteína. Los pliegues de Rossman tienen una función biológica importante en la unión de nucleótidos como el NAD dentro de la mayoría de las deshidrogenasas. [4]