Tiene tres hermanos: Melissa (asesinada por Louis Cardinal en el capítulo titulado The blessing way), William Jr., militar de la marina americana y Charles (personaje que solo apareció en un flashback en el capítulo «One Breath»).
Por este motivo, cuando terminó sus estudios secundarios se matriculó en la Universidad de Berkeley, y estudió la diplomatura en Ciencias físicas.
La agente Scully es abducida durante la segunda temporada («Ascension» (2x06)) aunque no por extraterrestres sino mediante una intrincada conspiración de hombres poderosos conocidos como el Sindicato.
Scully se ausenta por tres meses, durante los cuales le realizan una serie de experimentos cuyas consecuencias incluye el desarrollo de un cáncer cerebral que casi acaba con su vida hacia la cuarta temporada.
Su relación profesional se estrecha al punto de convertirse cada uno en la persona más importante en la vida del otro.
Únicamente en la cuarta temporada se le atribuye a Scully una relación íntima fuera del trabajo.
Esto sucede en el episodio Never Again (4x14), cuando pasa la noche con un hombre al que conoce en una tienda de tatuajes en Filadelfia.
También al final de la séptima temporada, el espectador descubre, con sorpresa, que Dana Scully está esperando un hijo.
Episodios más tarde Scully descubre que, durante las pruebas de fertilidad, científicos pertenecientes a una conspiración han experimentado con ella para concebir un bebé especial, que será la esperanza de la humanidad ante la invasión extraterrestre.
En los últimos episodios de la serie se revela el enigma que esconde este niño.
Se descubre que es el primer supersoldado concebido y nacido de una mujer.
En el capítulo titulado William, Jeffrey Spender le inyecta una sustancia al bebé con la intención de anular sus poderes.