Tuvo como compañeros a los Marines Knowle Rohrer (Adam Baldwin) y Shannon McMahon (Lucy Lawless), quienes más tarde serían convertidos en Súper-Soldados.
Doggett formó equipo con la agente especial Mónica Reyes, que trabajaba en la oficina del FBI en Nueva Orleans en ese momento, para buscar a su hijo y al asesino.
En 1995, Doggett se graduó en la academia del FBI y comenzó a trabajar como agente especial en la división de investigación criminal.
Durante este tiempo, Doggett y Kersh desarrollaron una enemistad amarga, similar a la de Mulder con el fumador.
Doggett y su nueva compañera, la agente especial Mónica Reyes, tomaron control de los expedientes X después de que Mulder fuera despedido del FBI y Scully dejara el departamento, para enseñar en la academia del FBI, a la vez que velaba por el cuidado su hijo con Mulder, William.