Las interacciones con sus anfitriones son a menudo complejas, y en algunos casos han evolucionado para ser mutualistas en lugar de parasitarias.
Se infectan sólo hembras que pasan la infección en adelante a su descendencia.
Se piensa que los fenotipos causados por Wolbachia, sobre todo la incompatibilidad citoplasmática, ha sido importante promoviendo la especiación.
Según Werren, Wolbachia puede constituir un mecanismo idóneo para generar aislamiento reproductivo.
Finalmente, en 1971, Janice Yen y Ralph Barr (Universidad de California) establecieron que una bacteria del género Wolbachia es la culpable del fenómeno hoy conocido como incompatibilidad citoplasmática.
[5][6][7] Además, algunas cepas de Wolbachia pueden reducir directamente la replicación viral dentro del insecto.