Durante el Alzamiento de Pascua participó junto a Thomas Ashe (que moriría durante una huelga de hambre) en una acción contra la Royal Irish Constabulary en Waterford.
Mulcahy ocupó después el cargo de Ministro de la Guerra del Estado Libre Irlandés entre enero y marzo de 1924, pero dimitió tras las críticas recibidas por el gobierno sobre su gestión del conocido como "motín del ejército", protagonizado por los militares veteranos que fueron desmovilizados al concluir la guerra civil.
Derrotado nuevamente en 1943, formó parte del Cuarto Senado tras ser votado por el Panel de Trabajo.
En las elecciones de ese mismo año, Mulcahy se presentó por Tipperary, regresando nuevamente al Parlamento.
Aunque esto sirvió para detener el declive del partido, sus expectativas de futuro aún no estaban claras.
La posibilidad de un pacto había sido sugerida durante la campaña por algunos diputados independientes y otros del Fine Gael.
Sin embargo, fue Mulcahy el que decidió poner en práctica ese plan para tratar de lograr un gobierno viable.
Pero los republicanos de Clann na Poblachta, liderados por Seán MacBride, consideraban este nombramiento inaceptable debido las ejecuciones ordenadas por él durante la guerra civil.