También escribió The Shadowmen para Trident, pero solo se publicaron dos números porque la editorial quebró en 1991, dejando los dos títulos de Millar inacabados.
Los primeros cuatro números de Millar fueron coescritos junto con Grant Morrison, gran amigo suyo con cuyo enfoque sobre la historieta coincide en buena parte, pero fue Millar quien se asentó en el título y consiguió un gran éxito de crítica para lo que era una colección en declive.
Manteniendo los aspectos más notorios de la colección, Millar y el dibujante Frank Quitely añadieron un estilo más polémico a las historias al tiempo que aumentaron el nivel de violencia gráfica.
Aún escribiría para DC Superman: Red Son, otra de sus pequeñas joyas, pero abandonaría definitivamente la editorial en 2002.
Guionizó personajes tan populares como Spider-Man o Wolverine, trabajando con el dibujante John Romita Jr.
The Unfunnies, publicada por Avatar, no llegó a completarse, aparentemente por problemas legales, y Run, que debía ser publicado por Image y contar con dibujos de Ashley Wood, nunca llegó a ver la luz.
Y aún mayor aceptación obtuvo Wanted, serie publicada por Top Cow, con dibujos de J.G.
"Kick-Ass"; que trata de las aventuras de un joven Nerd que decide hacerse superhéroe, y descubre que no es tan fácil como lo pintan las películas, de este cómic surge una adaptación en película, para 2010, con Chloë Grace Moretz, Aaron Taylor-Johnson y Nicolas Cage, con notable éxito.