La ciudad de Vallejo, California, actual Estados Unidos, recibe el nombre en su honor.
El 29 de noviembre llega Vallejo a Monterrey y es proclamado comandante general del Estado Libre de Alta California[cita requerida].
[cita requerida] Al final el gobierno federal mexicano en la Ciudad de México reconoció a Alvarado y Vallejo en sus puestos sin presentar represalias.
En 1842, el Gobierno Federal mexicano, temiendo una revuelta independentista en California, destituyó a Alvarado y a Vallejo, reemplazándolos por Manuel Micheltorena, dándole poderes tanto civiles como militares.
También fue autor de una extensa historia de California que tituló Recuerdos históricos y personales tocantes a la Alta California, 1769-1849 y que no llegó a publicarse, pero cuyo manuscrito[2] se conserva en el Archivo del Estado de California.