La ciudad ha sido objetivo frecuente de diversos conquistadores, debido a su posición estratégica en Asia central.Babur, fundador del Imperio mogol, anexó nuevamente Kandahar a la India en el siglo XVI.Su hijo Humayun se vio obligado a entregar Kandahar al shah de Persia.Kandahar pasó a control afgano en 1708 cuando Mirwais Khan Hotak conquistó la ciudad.Desde 1994 el movimiento talibán se organizó en esa ciudad y de allí conquistó el resto del país.
