Juan José Ruperto de Cuéllar y Villanueba ( c. 1739 , probablemente Real Sitio de Aranjuez , España - 1801, Ilocos , Filipinas ) fue un farmacólogo y botánico español . De 1786 a 1797 fue el líder de una expedición botánica real a Filipinas .
Según su biógrafa María Belén Bañas Llanos, Juan de Cuéllar nació en Aranjuez en el seno de una familia dedicada al cuidado de las plantas de los jardines reales. Sus padres también regentaban una farmacia. Su padre murió siendo él joven y su madre se volvió a casar con un hombre al que el rey había nombrado regente de la farmacia. Cuando también murió su madre (en 1760), vendió los olivares que constituían su herencia y se trasladó a Madrid.
En diciembre de 1760 compró una farmacia en la calle Atocha de Madrid e ingresó en el Real Colegio de Farmacéuticos. Tras finalizar la carrera, continuó vinculado al Colegio desempeñando diversos cargos importantes: primer secretario, procurador general, fiscal y segundo secretario, en diferentes momentos. Hacia 1781, se vio obligado a abandonar su farmacia por motivos económicos.
En 1783 y 1784 asistió a clases en el Real Jardín Botánico de Madrid , en un programa para impartir conocimientos científicos a los farmacéuticos. En una carta fechada el 17 de diciembre de 1784, Cuéllar escribió a Cristóbal Nieto de Piña, vicepresidente de la Real Sociedad Médica de Sevilla, que estaba compilando un herbario basado en el sistema de Carl Linnaeus y pidiendo la recomendación de Nieto para cubrir la vacante de botánico en Sevilla. La Real Sociedad Médica de Sevilla le dio el nombramiento el 2 de mayo de 1785, pero no pudo aceptar de inmediato porque también había sido nombrado comisario real en Cádiz .
El El Peruano había llegado a Cádiz el 21 de febrero de 1785, transportando parte del material científico enviado desde Perú y Chile por la expedición real al mando de Hipólito Ruiz y José Antonio Pavón . También llegó en El Peruano Joseph Dombey , un francés que había servido como segundo botánico en la expedición de Ruiz y Pavón. Cuéllar debía catalogar y clasificar el material y prepararlo para su traslado a la Casa de Contratación . Dombey, sin embargo, quería transbordar los especímenes a Francia en lugar de abrir las cajas en España. Sin embargo, este conflicto se resolvió y el 17 de agosto de 1785, los especímenes fueron entregados a la Casa de Contratación. Puede ser debido a este trabajo que Ruiz y Pavón bautizaron el género Cuellaria en su honor.
El 10 de marzo de 1785, el rey Carlos III firmó una real orden por la que se creaba la Real Compañía de Filipinas , una sociedad político-mercantil que pretendía convertir a Filipinas en un centro de intercambio comercial entre Asia y América (lo que habría supuesto el fin del monopolio del galeón de Manila , al que se opusieron muchos españoles en Filipinas). La Compañía también tenía como objetivo investigar y explotar los recursos naturales de las propias Filipinas.
La Compañía pidió al ministro de Indias, José de Gálvez, que nombrara un botánico para investigar la flora de las islas. Gálvez entregó la tarea a Casimiro Gómez Ortega , director del Real Jardín Botánico de Madrid. Gómez nombró a Cuéllar.
Cuéllar dejó el puesto de botánico en Sevilla para ocupar el de Filipinas. Se trataba de una expedición científica de nivel similar a la de Ruiz y Pavón, y Cuéllar pidió al rey que le concediera el título de botánico real . El rey así lo hizo, sin sueldo real, nombrándole botánico real sin sueldo .
A principios de enero de 1786, Cuéllar zarpó a bordo del Águila Imperial rumbo a Manila, pasando por el cabo de Buena Esperanza. Le acompañaba su segunda esposa, María Borbón. El 9 de agosto de 1786, tras siete meses de navegación, el barco llegó a Cavite , en Filipinas.
Los conflictos en curso le obligaron a limitar sus exploraciones iniciales a la zona de Manila. Al principio se concentró en los cultivos en los que la Compañía tenía especial interés: añil, pimienta negra, algodón, moras, café y cacao. En marzo y abril se alejó un poco más, hasta Bataan .
Desde su llegada, Cuéllar comenzó a recolectar material científico para enviarlo a España. Los primeros ejemplares enviados fueron productos naturales de Filipinas, entre ellos conchas marinas, semillas, resinas, maderas, dibujos, minerales y algunas plantas vivas. Estos datan de principios de 1787. Cuéllar continuó asiduamente los envíos hasta 1797, superando algunas dificultades para hacerlo.
Una orden real de enero de 1788 le encomendó promover el cultivo de la canela y la nuez moscada, en un último intento por romper el monopolio comercial holandés sobre estas especias. Sin embargo, las variedades que pudo estudiar no eran las adecuadas.
El 24 de marzo de 1792 llegaron a Cavite las corbetas Descubierta y Atrevida de la expedición científica de Alejandro Malaspina . Cuéllar se reunió con la expedición y mostró a su botánico, Antonio Pineda, algunas de las plantaciones de los alrededores de Manila. La expedición zarpó de Manila el 15 de noviembre de 1792.
Las cuatro expediciones autorizadas por el rey Carlos III a las colonias españolas fueron las de Hipólito Ruiz López y José Antonio Pavón a Perú y Chile (1777-1788); José Celestino Mutis a Nueva Granada (1783-1808); Cuéllar a Filipinas (1786-1797); y Martín Sessé y Lacasta a Nueva España (1787-1803). Cuéllar había hecho un gran papel para mucha gente.