Durante la guerra civil estadounidense, fue un oficial superior del Ejército de los Estados Confederados que comandó la caballería en el Teatro Trans-Misisipi.
[2] Disgustado por la situación, Marmaduke renunció a su comisión en la Guardia Estatal de Misuri y viajó a Richmond, Virginia, donde fue comisionado como primer teniente en el ejército regular de los Estados Confederados.
[4] Marmaduke fue herido en acción en la Batalla de Shiloh como coronel del 3.º Regimiento Confederado, lo que le incapacitó durante varios meses.
[7] Más tarde, Marmaduke comandó una división de caballería en el Departamento Trans-Misisipi, sirviendo en la Campaña del Río Rojo.
[8] Marmaduke regresó a su casa en Misuri y se instaló en Carondelet, St.
Trabajó brevemente para una compañía de seguros, cuya ética encontraba contraria a la suya.
El gobernador no tardó en nombrar a Marmaduke para la primera Comisión Ferroviaria del estado.
[8] Marmaduke decidió entrar en política, pero perdió la candidatura demócrata a gobernador en 1880 frente al ex general de la Unión Thomas T. Crittenden, que contaba con un fuerte apoyo y respaldo financiero de los ferrocarriles.
Sin inmutarse, Marmaduke volvió a presentarse como candidato a gobernador cuatro años más tarde, en un momento en que la opinión pública había cambiado y la reforma y la regulación del ferrocarril estaban más en boga.
Fue elegido con una plataforma centrada oficialmente en la cooperación entre antiguos unionistas y confederados, prometiendo un programa que produciría un "Nuevo Misuri".
Al año siguiente, Marmaduke impulsó leyes en la legislatura estatal que finalmente comenzaron a regular la industria ferroviaria del estado.
Marmaduke nunca se casó, y sus dos sobrinas ejercieron de azafatas en la mansión del gobernador.