De vuelta en Francia, documenta su saber en el Lexicon medicum universalis, un diccionario enciclopédico médico-anatómico en seis volúmenes.
Muchos de los colaboradores ya no se atrevieron a oponerse a la prohibición y, tras el séptimo volumen, que terminaba en el lema Gythium, se interrumpió la impresión durante ocho años.
Diderot dirigió sus energías a otros asuntos, pero Jaucourt continuó escribiendo tenazmente y redactó hasta cuatro artículos diarios.
Cuando, tras los ocho años de prohibición, se pudo continuar con la impresión de L'Encyclopédie, había suficientes artículos para que se editaran los diez restantes volúmenes el mismo año (1765).
Con una producción tan extensa, no es de extrañar que la calidad sea irregular.