Participó en la Expedición Palliser (1857-1860) y culminó su carrera como científico al servicio del gobierno en Nueva Zelanda.
[1] En honor de Hector han sido nombrados en Canadá un monte en el parque nacional Banff, un lago y un glacial.
En 1862 arribó a Dunedin para dirifgir por tres años el Servicio Geológico en Otago.
En 1865 se le encomendó fundar el Servicio Geológico de Nueva Zelanda y se trasladó a Wellington, para supervisar la construcción del Museo Colonial, donde funcionaría las oficinas del Servicio.
Tuvo cercanas y en ocasiones tensas relaciones con otros hombres de la ciencia, en particular, Julius von Haast o Elsdon Mejor.