Gruffydd ap Rhys II (fallecido el 25 de julio de 1201) fue un príncipe de Deheubarth en el suroeste de Gales .
Era hijo de Rhys ap Gruffydd (The Lord Rhys) y nieto de Gruffydd ap Rhys . Gruffydd era el hijo mayor de Rhys ap Gruffydd con su esposa Gwenllian, hija de Madog ap Maredudd, príncipe de Powys . Rhys pretendía que Gruffydd fuera su principal heredero, y en 1189 se casó con Maud de Braose, la hija de Maud de St Valery y de William de Braose . Tuvieron dos hijos, Rhys y Owain.
En los últimos años de Rhys se desarrolló una disputa entre Gruffydd y su hermano Maelgwn ap Rhys , ambos apoyados por algunos de sus otros hermanos. En 1189, persuadieron a Rhys para que encarcelara a Maelgwn, y lo entregaron al cuidado de Gruffydd en Dinefwr . Gruffydd se lo entregó a su suegro, William de Braose. En 1192, Rhys consiguió la liberación de Maelgwn, pero ahora él y Gruffydd eran enemigos acérrimos. En 1194, Maelgwn y otro hermano, Hywel, derrotaron a su padre y lo encarcelaron, aunque más tarde Hywel lo liberó.
Rhys ap Gruffydd murió en 1197. Gruffydd fue reconocido como su sucesor después de una entrevista con el arzobispo Hubert el justiciar . Pero Maelgwn utilizó tropas suministradas por Gwenwynwyn ab Owain de Powys para atacar Aberystwyth . Capturó la ciudad y el castillo, y tomó prisionero al propio Gruffydd, entregándolo más tarde a Gwenwynwyn quien a su vez lo transfirió a los ingleses que lo encarcelaron en el castillo de Corfe .
En 1198, Gwenwynwyn amenazó las posesiones inglesas en Painscastle y Elfael, y Gruffydd fue liberado del cautiverio para intentar mediar en la disputa. Sus esfuerzos fracasaron y en la batalla que siguió Gwenwynwyn fue derrotada.
Gruffydd conservó su libertad y, a finales de año, había capturado todo Ceredigion de manos de Maelgwn, excepto los castillos de Cardigan e Ystrad Meurig. En 1199 tomó el castillo de Cilgerran . Maelgwn llegó a un acuerdo con el rey Juan de Inglaterra , vendiéndole el castillo de Cardigan a cambio de la posesión del resto de Ceredigion.
En julio de 1201, otro hermano, Maredudd ap Rhys, fue asesinado y Gruffydd se apoderó de sus tierras.
El 25 de julio de 1201, el propio Gruffydd murió de una enfermedad y fue enterrado en la abadía de Strata Florida .