Su conversión al protestantismo y el anuncio de la paridad religiosa en el Electorado dieron comienzo a la Guerra de Colonia.
Tras su matrimonio en febrero de 1583, intentó convertir al Electorado en una dignidad dinástica.
Durante los seis años siguientes, sus partidarios pelearon contra aquellos de la catedral católica por el derecho a retener el electorado y la arquidiócesis en la denominada Guerra de Colonia o Guerra de Seneschal.
Luego de una brutal pelea, pillaje de villas, ciudades y abadías en todo el territorio del Electorado, Gebhard renunció a sus pretensiones sobre el Electorado y se retiró a Estrasburgo.
Su pérdida del Electorado fortaleció a la contrarreforma católica en los Estados del norte de Alemania, dio a los Jesuitas un enclave poderoso en Colonia y expandió la influencia de la familia Wittelsbach en la política imperial.