El Departamento de Missouri fue un escalón de mando del ejército de los Estados Unidos en el siglo XIX y una subdivisión de la División Militar de Missouri que funcionó durante las Guerras Indias .
Tras la conclusión exitosa de la guerra entre México y Estados Unidos , la administración del ejército de los Estados Unidos estuvo teóricamente dirigida, bajo la presidencia de los Estados Unidos, por el Secretario de Guerra y el general en jefe . En la práctica, el Secretario de Guerra y los jefes de las agencias de estado mayor del ejército, que le reportaban directamente (ayudante general, intendente general, comisario general, inspector general, pagador general, cirujano general, ingeniero jefe, coronel de ingenieros topográficos y coronel de artillería)—ejercía plena autoridad, dejando al general en jefe como testaferro. Con una falta de dirección central, la política y la estrategia fueron desarrolladas de facto por los comandantes de los departamentos geográficos numerados y los tres cuarteles generales de división. Después del 31 de octubre de 1853, el escalón de la división fue eliminado y los seis departamentos occidentales se consolidaron en cuatro (Departamentos de Texas , Nuevo México , Oeste y Pacífico ), cuyos comandantes de departamento empleaban sus tropas como mejor les parecía. El sistema volvió a seis departamentos en 1858, cuando se creó el Departamento de Utah en enero y el Departamento del Pacífico se dividió en los Departamentos de California y Oregón en septiembre.
La actividad militar que afectaba a un departamento a menudo se originaba en otro departamento, lo que impedía el uso eficiente de personal limitado y la coordinación de esfuerzos. Las fricciones entre los Secretarios de Guerra y los generales en jefe, y particularmente entre Jefferson Davis y Winfield Scott , obstruyeron las reformas en el sistema de estado mayor que podrían haber traído unidad de mando y control civil de las fuerzas armadas . La expansión del ejército durante la Guerra Civil vio una proliferación en el número de departamentos geográficos y sus distritos subordinados, a menudo cambiando de nombre y áreas bajo su control individual, algunos departamentos eliminados o renombrados, solo para ser recreados nuevamente en forma alterada.
El Departamento de Missouri resultó de la reorganización y desintegración del Departamento de Occidente el 9 de noviembre de 1861, después de que Abraham Lincoln despidiera a John C. Frémont cuando no quiso rescindir su orden de emancipar a los esclavos de Missouri e imponer la ley marcial al estado. David Hunter sirvió brevemente como el último comandante del Departamento de Occidente. El nuevo departamento incluía Missouri , Arkansas , Illinois , Kentucky al oeste del río Cumberland y, en ocasiones, Kansas . Se fusionó brevemente con el Departamento de Mississippi en 1862, pero se volvió a crear el 19 de septiembre y ahora consta de Missouri, Arkansas, Kansas y el territorio indio . Colorado y Nebraska se agregaron el 11 de octubre de 1862 y el departamento pasó a ser conocido generalmente como el Departamento de Missouri. De 1862 a 1865, el departamento se ocupó principalmente de luchar contra los confederados en Missouri y Arkansas.
El Departamento de Kansas fue creado por tercera vez el 1 de enero de 1864, eliminando áreas importantes de la jurisdicción militar del Departamento de Missouri. El nuevo comandante del Departamento de Kansas, el mayor general Samuel R. Curtis , tenía dos distritos (Colorado y Nebraska) totalmente involucrados en la guerra contra los indios, pero Curtis estaba absorto en la lucha contra los confederados en el territorio indio y los saqueadores de Kansas, lo que permitió que su otros distritos, particularmente Colorado, completa autonomía. El gobernador John Evans y el comandante del distrito de Colorado, el coronel John M. Chivington, aprovecharon esta falta de supervisión para atacar agresivamente las aldeas cheyenne en abril de 1864, lo que desató una importante guerra india en julio . Curtis creó un nuevo distrito en el Alto Arkansas para librar la guerra, pero fue totalmente incapaz de localizar a sus oponentes. En su otro distrito de Nebraska, la guerra fue aún más intensa, pero las fuerzas allí eran demasiado débiles para hacerle frente.