Durante su Gobierno, Costa e Silva se alineó con los sectores más conservadores de la derecha brasileña, sosteniendo que el control militar sobre la política nacional debería permanecer por varios años.Las protestas y motines callejeros que siguieron por la violencia policial —particularmente la marcha de cien mil— generaron las virulentas críticas del opositor MDB contra el régimen en el Congreso; estas protestas parlamentarias culminaron en un pedido del diputado opositor Márcio Moreira Alves de lanzar un boicot contra las celebraciones militares del 7 de septiembre, en revancha por la negativa del gobierno a detener la violencia policial contra las manifestaciones de estudiantes.Costa e Silva requirió entonces que el Congreso levantase la inmunidad del diputado Moreira Alves pero, para sorpresa de la opinión pública, el 11 de diciembre el Congreso se negó al pedido presidencial e insistió en que sólo el parlamento juzgase a Moreira Alves.Al día siguiente, 12 de diciembre, Costa e Silva ordenó cerrar el parlamento por la fuerza y suspendió sus funciones indefinidamente, desalojando a los congresistas reunidos en Brasilia con contingentes militares apostados dentro de las cámaras.El Acto Institucional N.° 5 suspendía efectivamente la recién promulgada Constitución de 1967, que pese a ser formulada conforme al pedido del propio régimen militar, resultaba menos represiva.
Costa e Silva con los miembros de su gabinete en su toma de posesión como presidente de Brasil el 15 de marzo de 1967.
