El Bioinformatic Harvester fue un motor de búsqueda meta bioinformático creado por el Laboratorio Europeo de Biología Molecular [1] y posteriormente alojado y desarrollado por el Instituto Tecnológico KIT de Karlsruhe para información asociada a genes y proteínas. Harvester actualmente funciona para información basada en humanos , ratones , ratas , peces cebra , drosophila y arabidopsis thaliana . Harvester enlaza de forma cruzada más de 50 recursos bioinformáticos populares y permite búsquedas cruzadas. Harvester ofrece decenas de miles de páginas todos los días a científicos y médicos. Desde 2014, el servicio está inactivo.
Cómo funciona Harvester
Harvester recopila información de bases de datos de proteínas y genes junto con información de los llamados "servidores de predicción". Los servidores de predicción, por ejemplo, proporcionan análisis de secuencias en línea para una sola proteína. El índice de búsqueda de Harvester se basa en la recopilación de información de proteínas de IPI y UniProt . Las colecciones constan de:
- ~72.000 humanos, ~57.000 ratones, ~41.000 ratas, ~51.000 peces cebra, ~35.000 páginas de proteínas de Arabidopsis, que enlazan entre sí ~50 importantes recursos bioinformáticos.
Harvester vincula varios tipos de información
Información basada en texto
De las siguientes bases de datos:
Bases de datos ricas en elementos gráficos
Estas bases de datos no se recopilan, sino que se interconectan y se muestran mediante iframes . Un iframe es una ventana dentro de una página HTML para una vista integrada y un acceso interactivo a la base de datos vinculada. Varios de estos iframes se combinan en una sola página de proteína Harvester. Esto permite una comparación simultánea y conveniente de la información de varias bases de datos.
- NCBI- BLAST , un algoritmo para comparar secuencias biológicas del NCBI
- Ensembl , anotación automática de genes por EMBL- EBI y el Instituto Sanger
- FlyBase es una base de datos del organismo modelo Drosophila melanogaster
- GoPubMed es un motor de búsqueda basado en conocimiento para textos biomédicos
- iHOP , información hipervinculada sobre proteínas a través de sinónimos gen/proteína
- El proyecto Herencia Mendeliana en el Hombre cataloga todas las enfermedades conocidas
- RZPD , Centro de recursos alemán para la investigación del genoma en Berlín/Heidelberg
- STRING , herramienta de búsqueda para la recuperación de genes/proteínas interactuantes, desarrollada por EMBL , SIB y UZH
- Red de información sobre el pez cebra
- Base de datos de localización subcelular LOCATE (ratón)
Acceso desde aplicación externa
Lo que se puede encontrar
Harvester permite una combinación de diferentes términos de búsqueda y palabras individuales.
Ejemplos de búsqueda:
- Nombre del gen: "golga3"
- Alias genérico: "ADAP-S ADAS ADHAPS ADPS" (un nombre de gen es suficiente)
- Gene-Ontologies: "Vía de señalización de proteínas receptoras ligadas a enzimas"
- Unigene - Clúster: "Hs.449360"
- Anotación Go: "transporte intra-Golgi"
- Función molecular: "unión a la proteína quinasa"
- Proteína: "Q9NPD3"
- Dominio proteico: "SH2 sar"
- Localización de proteínas: “retículo endoplasmático”
- Cromosoma: "2q31"
- Relevante para la enfermedad: utilice la palabra "enlace a la enfermedad"
- Combinaciones: "golgi diseaselink" (encuentra todas las proteínas de Golgi asociadas con una enfermedad)
- ARNm : "AL136897"
- Palabra: "Cáncer"
- Comentario: "muy expresado en el corazón"
- Autor: "Merkel, Schmidt"
- Publicación o proyecto: " Proyecto de secuenciación de ADNc "
Véase también
Literatura
- Liebel U, Kindler B, Pepperkok R (agosto de 2004). "'Harvester': un motor de búsqueda meta rápida de recursos proteínicos humanos". Bioinformática . 20 (12): 1962–3. doi : 10.1093/bioinformatics/bth146 . PMID 14988114.
- Liebel U, Kindler B, Pepperkok R (2005). "Recolector bioinformático": un motor de búsqueda de recursos proteínicos de todo el genoma de humanos, ratones y ratas". GTPasas que regulan la dinámica de membranas . Métodos en enzimología. Vol. 404. págs. 19–26. doi :10.1016/S0076-6879(05)04003-6. ISBN 9780121828097. Número de identificación personal 16413254.
Notas y referencias
- ^ Manoj, M; Elizabeth, Jacob (octubre de 2008). "Recuperación de información en Internet mediante metabuscadores: una revisión" (PDF) . Revista de investigación científica e industrial . 67 (10): 739–746. ISSN 0022-4456.
Enlaces externos
