Kerzhakov comenzó jugando, en el año 2000, en un club amateur de San Petersburgo, el F. C. Svetogorets.
Ya en su primera temporada se convirtió en la segunda opción ofensiva tras Gennadiy Popovich.
Surgieron rumores del interés de clubes como el Manchester United, Paris Saint-Germain o Tottenham Hotspur, pero en enero de 2008, Kerzhakov abandonó el Sevilla y regresó a su país natal, fichando por el Dinamo Moscú.
En sus dos temporadas con los moscovitas, Kerzhakov disputó 51 encuentros y marcó 20 goles.
Pese a tardar tres meses en anotar su primer gol, Kerzhakov se convirtió en el delantero referente del equipo, y para la temporada 2012-13 llevaba unas impresionantes estadísticas de 44 goles en 69 encuentros.