cromosoma humano
El cromosoma 6 es uno de los 23 pares de cromosomas de los humanos . Las personas normalmente tienen dos copias de este cromosoma. El cromosoma 6 abarca más de 172 millones de pares de bases (el material de construcción del ADN ) y representa entre el 5,5 y el 6% del ADN total de las células . Contiene el complejo mayor de histocompatibilidad , que contiene más de 100 genes relacionados con la respuesta inmune y desempeña un papel vital en el trasplante de órganos .
La evolución del centrómero humano 6.
El centrómero del cromosoma 6 ilustra un ejemplo interesante de evolución del centrómero. Se sabía [ se necesita más explicación ] que en un ancestro Catarrhini el centrómero del cromosoma 6 estaba situado cerca de la posición 26 Mb del cromosoma humano moderno. En Macaca mulatta , este antiguo centrómero desapareció y se reposicionó en una ubicación cromosómica diferente [ ¿relevante? ] . En el caso de los humanos, el antiguo centrómero desapareció y surgió una forma más reciente cerca de la posición moderna del centro humano (tamaño de 60 Mb). Estos casos se conocen como Nuevos Centromeros Evolutivos (ENC). Este fenómeno de ensamblaje del cromosoma 6 humano brinda a los investigadores la oportunidad de investigar el origen de las ENC en el cromosoma 6. [4]
genes
El antígeno leucocitario humano se encuentra en el cromosoma 6, a excepción del gen de la β2-microglobulina (que se encuentra en el cromosoma 15 ), y codifica , entre otras funciones, proteínas presentadoras de antígenos de la superficie celular .
Número de genes
En 2003, se anotaron manualmente las proteínas en la totalidad del cromosoma 6, lo que dio como resultado la identificación de 1.557 genes y 633 pseudogenes. [5]
Las siguientes son algunas de las estimaciones más recientes del recuento de genes. Debido a que los investigadores utilizan diferentes enfoques para la anotación del genoma, sus predicciones sobre la cantidad de genes en cada cromosoma varían (para obtener detalles técnicos, consulte predicción de genes ). Entre varios proyectos, el proyecto colaborativo de secuencia de codificación por consenso ( CCDS ) adopta una estrategia extremadamente conservadora. Por lo tanto, la predicción del número de genes del CCDS representa un límite inferior en el número total de genes que codifican proteínas humanas. [6]
lista de genes
La siguiente es una lista parcial de genes en el cromosoma 6 humano. Para obtener una lista completa, consulte el enlace en el cuadro de información a la derecha.
brazo p
Los siguientes son algunos de los genes ubicados en el brazo p (brazo corto) del cromosoma 6 humano:
- ADTRP : proteína codificante Proteína reguladora de TFPI dependiente de andrógenos
- APOM : proteína codificante Apolipoproteína M (6p21.33)
- ARMC12 : proteína codificante de repetición Armadillo que contiene 12
- ATXN1 : proteína codificante Ataxina 1 (6p16.3-p16.76)
- TSBP1 : proteína codificante TSBP1 (6p21.32)
- C6orf62 : cromosoma 6 marco de lectura abierto 62 (6p22.3)
- C6orf89 : cromosoma 6 marco de lectura abierto 89 (6p21.2)
- CDKAL1 : proteína 1 asociada a la subunidad reguladora CDK5 como 1 (6p22.3)
- COL11A2 : colágeno, tipo XI, alfa 2(6p21.3)
- CRIP3 : proteína codificante de proteína 3 rica en cisteína
- CYP21A2 : citocromo P450, familia 21, subfamilia A, polipéptido 2 (6p21.33)
- DHX16 : helicasa 16 de caja DEAH (6p21.33)
- DOM3Z : Decapado de exoribonucleasa (6p21.33)
- DSP : gen de la desmoplaquina vinculado a la miocardiopatía (6p24.3)
- ELOVL5 : ELOVL elongasa 5 de ácido graso (6p12.1)
- FBXO9 : proteína 9 de la caja F (6p12.1)
- FOXP4-AS1 : proteína codificante ARN 1 antisentido FOXP4
- FTH1P5 : proteína codificante ferritina, polipéptido pesado 1 pseudogén 5
- G6B : Proteína G6b (6p21.33)
- GCNT2 : N-acetilactosaminida beta-1,6-N-acetilglucosaminil-transferasa (6p24.3)
- GGNBP1 : proteína codificante de la proteína 1 de unión a gametogenetina (pseudogén)
- GMDS : GDP-manosa 4,6-deshidratasa (6p25.3)
- GTPBP2 : proteína codificante de la proteína de unión 2 a Gtp
- HCG4P11 : pseudogén 11 del grupo 4 del complejo HLA
- HFE : hemocromatosis (6p22.2)
- HIST1H2AH : grupo de histonas 1 miembro de la familia H2A h (6p22.1)
- HLA-A , HLA-B , HLA-C : complejo mayor de histocompatibilidad (MHC), loci de clase I, A, B y C. (6p21.3)
- HLA-DQA1 y HLA-DQB1 forman el heterodímero HLA-DQ MHC clase II, DQ: celíaco1, IDDM (6p21.3)
- Formas HLA-DRA , HLA-DRB1 , HLA-DRB3 , HLA-DRB4 , HLA-DRB5 HLA-DR , heterodímero MHC clase II, DR (6p21.3) Susceptibilidad a moho/biotoxinas
- Formas HLA-DPA1 y HLA-DPB1 HLA-DP , MHC clase II, DP (6p21.3)
- HLA-Cw*06:02 : variación genética relacionada con la psoriasis (6p21.3)
- KAAG1 : proteína codificante del antígeno 1 asociado al riñón
- LOC100533655 : proteína codificante del pseudogén del receptor de hidrocarburos arilo
- LST1 : transcrito 1 específico de leucocitos (6p21.33)
- Proteína codificante LY6G6E Complejo antígeno 6 de linfocitos, locus G6E (pseudogén) (6p21.33)
- MIR4640 : microARN 4640 (6p21.33)
- MLIP : proteína de interacción muscular LMNA (6p12.1)
- MRPS18B : proteína ribosomal mitocondrial S18B (6p21.33)
- MUT : metilmalonil coenzima A mutasa (6p12.3)
- NHLRC1 : repetición de NHL que contiene proteína ligasa 1 de ubiquitina E3 (6p22.3)
- NOL7 : proteína nucleolar 7 (6p23)
- NQO2 : N-ribosildihidronicotinamida:quinona reductasa 2 (6p25.2)
- NRSN1 : neurensina 1 (6p22.3)
- NUDT3 : nudix hidrolasa 3 (6p21.31)
- PFDN6 : subunidad 6 preplegada (6p21.32)
- PHACTR1 : regulador 1 de fosfatasa y actina (6p24.1)
- PKHD1 : poliquistosis renal y hepática 1 (autosómica recesiva) (6p21.2-p12)
- PRICKLE4 : proteína 4 de polaridad de células planas espinosas (6p21.1)
- PRSS16 : proteasa, serina 16 (6p22.1)
- PSMB8-AS1 : ARN antisentido 1 de PSMB8 (cabeza con cabeza) (6p21.32)
- RAB44 : proteína codificante Rab44, miembro de la familia del oncogén ras
- RIPOR2 : Regulador 2 de polarización celular que interactúa con la familia RHO (6p22.3)
- RPL10A : proteína codificante 60S, proteína ribosómica L10a (6p21.31)
- SKIV2L : ARN helicasa similar a Ski2 (6p21.33)
- SSR1 : subunidad 1 del receptor de secuencia de señal (6p24.3)
- TCF19 : factor de transcripción 19 (6p21.33)
- TCP11 : complejo t 11 (6p21.31)
- TJAP1 : proteína 1 asociada a unión estrecha (6p21.1)
- Proteína codificante TP53COR1 Proteína tumoral Correpresor 1 de la vía p53 (no codificante de proteínas)
- TMEM151B : proteína codificante Proteína transmembrana 151B
- TNXB : tenascina XB (6p21.3)
- TRAM2 : proteína de membrana 2 asociada a la translocación (6p12.2)
- TRIM38 : proteína codificante Motivo tripartito que contiene 38
- TTBK1 : codifica la proteína Tau tubulina quinasa 1
- UBR2 : ubiquitina proteína ligasa E3 componente n-recognina 2 (6p21.2)
- UNC5CL : proteína codificante similar al homólogo C (C. elegans) de Unc-5
- USP8P1 : proteína codificante de la peptidasa 8 específica de ubiquitina, pseudogén 1
- VEGF : factor de crecimiento endotelial vascular A (factor de crecimiento angiogénico) (6p21.1)
- VPS52 : subunidad del complejo GARP
- VWA7 : proteína codificante del factor von willebrand, un dominio que contiene 7
- ZKSCAN4 : codificación de proteína dedo de zinc con dominios KRAB y SCAN 4
- ZNF76 : proteína con dedos de zinc 76 (6p21.31)
- ZNF193 : proteína con dedos de zinc 193 (6p22.1)
- ZNRD1 : dominio de cinta de zinc que contiene 1 (6p22.1)
brazo q
Los siguientes son algunos de los genes ubicados en el brazo q (brazo largo) del cromosoma 6 humano:
- AIM1 : proteína codificante Ausente en la proteína del melanoma 1 (6q21)
- AIG1 : proteína codificante de la proteína 1 inducida por andrógenos (6q24.2)
- AKIRIN2 : akirin 2 (6q15)
- ARG1 : arginasa 1 (6q23.2)
- BCKDHB : cetoácido deshidrogenasa E1 de cadena ramificada, polipéptido beta (enfermedad de la orina con jarabe de arce) (6q14.1)
- BMIQ3: índice de masa corporal QTL 3
- TMEM242 que codifica la proteína transmembrana TMEM242
- C6orf203 : proteína codificante Cromosoma 6 marco de lectura abierto 203
- C6orf58 : cromosoma 6 marco de lectura abierto 58 (6q22.33)
- CFAP206 : proteína codificante Proteína asociada a cilios y flagelos 206
- CMD1F: miocardiopatía dilatada 1F
- CMD1K: miocardiopatía dilatada 1K
- CNR1 : receptor de cannabinoide 1 (6q14-q15) [13]
- DACT2 : proteína codificante antagonista de unión desaliñada de beta catenina 2
- DFNB38: sordera autosómica recesiva 38
- DYX4: susceptibilidad a la dislexia 4
- ECT2L : proteína codificante de secuencia 2 transformadora de células epiteliales similar a un oncogén
- ESR1 : Receptor de estrógeno 1 (6q25)
- EYA4 : ojos ausentes homólogo 4 (Drosophila)(6q23.2)
- FBXL4 : F-box y proteína repetida 4 rica en leucina (6q16.1-q16.2)
- FEB5: convulsiones febriles 5
- HACE1 : dominio HECT y repetición de Ankyrin que contiene proteína ligasa 1 de ubiquitina E3 (6q21)
- HEBP2 : proteína de unión al hemo 2 (6q24.1)
- IDDM8: diabetes mellitus insulinodependiente 8
- IDDM15: diabetes mellitus insulinodependiente 15
- IFNGR : gen del receptor de interferón-γ (6q23-q24)
- IGF2R : receptor del factor de crecimiento similar a la insulina 2 (6q25.3)
- IMPG1 : proteoglilcano 1 de matriz interfotorreceptora (6q14.1)
- KIAA0408
- LGSN : codifica la proteína lengsina
- LIN28B : homólogo B de lin-28 (6q16.3-q21)
- MAN1A1 : manosidasa alfa clase 1A miembro 1 (6q22.31)
- MB21D1 : proteína codificante del dominio Mab-21 que contiene 1
- MCDR1: distrofia macular, retina, 1
- MDN1 : midasina AAA ATPasa 1 (6q15)
- MOXD1 : monooxigenasa DBH como 1 (6q23.2)
- MTO1 : optimización 1 de la traducción del ARNt mitocondrial (6q13)
- MRT18: retraso mental, no sindrómico, autosómico recesivo
- MRT28: retraso mental, no sindrómico, autosómico recesivo
- MTRF1L : factor de liberación traslacional 1 mitocondrial similar (6q25.2)
- MYO6 : miosina VI (6q14.1)
- NHEG1 : proteína codificante de Neuroblastoma altamente expresada 1
- OA3: albinismo ocular 3
- OPRM1 : receptores μ-opioides (6q24-q25)
- OTSC7: otosclerosis 7
- PLG : plasminógeno (6q26)
- PBCRA1
- PARK2 : enfermedad de Parkinson (autosómica recesiva, juvenil) 2, parkin (6q26)
- PCMT1 : proteína-L-isoaspartato (D-aspartato) O-metiltransferasa (6q25.1)
- PERP : efector de apoptosis de p53 relacionado con PMP-22 (6q23.3)
- PKIB : inhibidor beta de la proteína quinasa dependiente de AMPc (6p22.31)
- PLAGL1 : (6q24.2)
- QRSL1 : proteína codificante similar a la glutaminil-trna sintasa (hidrolizante de glutamina) 1
- RCD1: distrofia del cono retiniano 1
- RFPL4B : Retirar la proteína del dedo como 4B
- RP63: retinosis pigmentaria 63
- SASH1 : dominio SAM y SH3 que contiene 1 (6q24.3-q25.1)
- SCZD5: trastorno de esquizofrenia 5
- SEN6: relacionado con la senescencia (celular) 6
- SENP6 : SUMO1/peptidasa específica 6 de sentrina (6q14.1)
- SERAC1 : sitio activo de serina que contiene 1 (6q25.3)
- SERINC1 : incorporador de serina 1 (6q22.31)
- SF3B5 : factor de empalme 3b subunidad 5 (6q24.2)
- SMAP1 : pequeño ArfGAP 1 (6q13)
- SOBP : homólogo de la proteína de unión sine oculis (6q21)
- SPG25: paraplejía espástica 25
- ST8 : supresión de la tumorigenicidad 8
- SYNJ2 : sinaptojanina 2 (6q25.3)
- T : factor de transcripción T brachyury (más comúnmente conocido como gen T) vinculado al carcinoma hepatocelular y al cordoma (6q27) [14]
- TAAR1 : receptor 1 asociado a trazas de amina (6q23.1)
- TAAR2 : receptor 2 asociado a trazas de amina (6q24)
- TMEM200A : proteína codificante Proteína transmembrana 200A
- TSPYL1 : TSPY como 1 (6q22.1)
- UNC93A : proteína codificante homólogo A de Unc-93 (C. elegans)
- VNN1 : vanin 1 (6q23.2)
- VNN2 : vanino 2 (6q23.2)
- VTA1 : Tráfico de vesículas 1 (6q24.1-2)
- ZC2HC1 : proteína codificante tipo C2HC con dedos de zinc que contiene 1B
- ZDHHC14 : proteína codificante Dedo de zinc, tipo DHHC que contiene 14
Enfermedades y trastornos
Las siguientes enfermedades son algunas de las relacionadas con genes del cromosoma 6:
- espondilitis anquilosante , HLA-B
- colagenopatía, tipos II y XI
- Enfermedad celíaca HLA-DQA1 y DQB1
- Síndrome de Ehlers-Danlos , tipos clásico, hipermovilidad y tenascina-X
- tiroiditis de Hashimoto
- hemocromatosis
- Hemocromatosis tipo 1
- Deficiencia de 21-hidroxilasa
- enfermedad de la orina con jarabe de arce
- acidemia metilmalónica
- Sordera autosómica no sindrómica
- Distrofia macular de Carolina del Norte
- displasia otospondilomegaepifisaria
- Enfermedad de Parkinson
- poliquistosis renal
- porfiria
- porfiria cutánea tardía
- Artritis reumatoide , HLA-DR
- CIRS (Síndrome de Respuesta Inflamatoria Crónica), Síndrome del Edificio Enfermo, Susceptibilidad/Envenenamiento a la Toxina del Moho, HLA-DR/DQ
- Ataxia espinocerebelosa tipo 1 , ATXN1
- Síndrome de Stickler , COL11A2
- Lupus eritematoso sistémico
- Diabetes mellitus tipo 1 , HLA-DR, DQA1 y DQB1
- Anemia sideroblástica ligada al cromosoma X
- Epilepsia
- Síndorme de Guillain-Barré
- Cordoma
- Carcinoma hepatocelular
- Esquizofrenia
banda citogenética
Referencias
- ^ ab "Resultados de la búsqueda - 6 [CHR] Y "Homo sapiens" [Organismo] Y ("tiene ccds" [Propiedades] Y vivo [prop]) - Gene". NCBI . CCDS Versión 20 para Homo sapiens . 2016-09-08 . Consultado el 28 de mayo de 2017 .
- ^ Tom Strachan; Andrew Read (2 de abril de 2010). Genética molecular humana. Ciencia de la guirnalda. pag. 45.ISBN 978-1-136-84407-2.
- ^ ab Página de decoración del genoma, NCBI. Datos de ideograma para Homo sapience (850 bphs, Asamblea GRCh38.p3). Última actualización 2014-06-03. Consultado el 26 de abril de 2017.
- ^ Altemose, Nicolás; Logsdon, Glennis A.; Bzikadze, Andrey V.; Sidhwani, Pragya; Langley, Sasha A.; Caldas, Gina V.; Hoyt, Savannah J.; Uralsky, Lev; Ryabov, Fedor D.; Muestra, Colin J.; Sauria, Michael EG; Borchers, Mateo; Gershman, Ariel; Mijeenko, Alla; Shepelev, Valery A. (abril de 2022). "Mapas genómicos y epigenéticos completos de centrómeros humanos". Ciencia . 376 (6588): eabl4178. doi : 10.1126/ciencia.abl4178. ISSN 0036-8075. PMC 9233505 . PMID 35357911.
- ^ Mungall AJ, Palmer SA, Sims SK, Edwards CA, Ashurst JL, Wilming L, et al. (octubre de 2003). "La secuencia de ADN y análisis del cromosoma 6 humano". Naturaleza . 425 (6960): 805–11. Código Bib :2003Natur.425..805M. doi : 10.1038/naturaleza02055 . PMID 14574404.
- ^ Pertea M, Salzberg SL (2010). "Entre un pollo y una uva: estimando el número de genes humanos". Genoma Biol . 11 (5): 206. doi : 10.1186/gb-2010-11-5-206 . PMC 2898077 . PMID 20441615.
- ^ "Estadísticas y descargas del cromosoma 6". Comité de Nomenclatura Genética de HUGO . 2017-05-12. Archivado desde el original el 18 de agosto de 2017 . Consultado el 19 de mayo de 2017 .
- ^ "Cromosoma 6: resumen de cromosomas - Homo sapiens". Lanzamiento del conjunto 88 . 2017-03-29 . Consultado el 19 de mayo de 2017 .
- ^ "Cromosoma 6 humano: entradas, nombres de genes y referencias cruzadas a MIM". UniProt . 2018-02-28 . Consultado el 16 de marzo de 2018 .
- ^ "Resultados de la búsqueda - 6 [CHR] Y" Homo sapiens "[Organismo] Y ("codificación de proteína tipo genético" [Propiedades] Y vivo [prop]) - Gen". NCBI . 2017-05-19 . Consultado el 20 de mayo de 2017 .
- ^ "Resultados de la búsqueda - 6[CHR] AND "Homo sapiens"[Organismo] AND ( ("genetype miscrna"[Propiedades] OR "genetype ncrna"[Propiedades] OR "genetype rrna"[Propiedades] OR "genetype trna"[Propiedades] ] O "genetipo scrna"[Propiedades] O "genetipo snrna"[Propiedades] O "genetipo snorna"[Propiedades]) NO "genetipo de codificación de proteínas"[Propiedades] Y vivo[prop]) - Gen". NCBI . 2017-05-19 . Consultado el 20 de mayo de 2017 .
- ^ "Resultados de la búsqueda - 6 [CHR] Y" Homo sapiens "[Organismo] Y ("genetipo pseudo" [Propiedades] Y vivo [prop]) - Gen". NCBI . 2017-05-19 . Consultado el 20 de mayo de 2017 .
- ^ Matsuda LA, Lolait SJ, Brownstein MJ, Young AC, Bonner TI (agosto de 1990). "Estructura de un receptor cannabinoide y expresión funcional del ADNc clonado". Naturaleza . 346 (6284): 561–4. Código Bib :1990Natur.346..561M. doi :10.1038/346561a0. PMID 2165569. S2CID 4356509.
- ^ "Factor de transcripción T braquiuria". Factor de transcripción T-T braquiuria - Referencia del hogar de genética .
- ^ Página de decoración del genoma, NCBI. Datos de ideograma para Homo sapience (400 bphs, Asamblea GRCh38.p3). Última actualización 2014-03-04. Consultado el 26 de abril de 2017.
- ^ Página de decoración del genoma, NCBI. Datos de ideograma para Homo sapience (550 bphs, Asamblea GRCh38.p3). Última actualización 2015-08-11. Consultado el 26 de abril de 2017.
- ^ Comité Internacional Permanente sobre Nomenclatura Citogenética Humana (2013). ISCN 2013: Un sistema internacional de nomenclatura citogenética humana (2013). Editores médicos y científicos de Karger. ISBN 978-3-318-02253-7.
- ^ Sethakulvichai, W.; Manitpornsut, S.; Wiboonrat, M.; Lilakiatsakun, W.; Assawamakin, A.; Tongsima, S. (2012). "Estimación de resoluciones a nivel de banda de imágenes de cromosomas humanos". 2012 Novena Conferencia Internacional sobre Ciencias de la Computación e Ingeniería de Software (JCSSE). págs. 276–282. doi :10.1109/JCSSE.2012.6261965. ISBN 978-1-4673-1921-8. S2CID 16666470.
- ^ Página de decoración del genoma, NCBI. Datos de ideograma para Homo sapience (850 bphs, Asamblea GRCh38.p3). Última actualización 2014-06-03. Consultado el 26 de abril de 2017.
- ^ " p ": brazo corto; " q ": Brazo largo.
- ^ Para conocer la nomenclatura de bandas citogenéticas, consulte el artículo locus .
- ^ ab Estos valores (ISCN inicio/parada) se basan en la longitud de las bandas/ideogramas del libro ISCN, Un sistema internacional para la nomenclatura citogenética humana (2013). Unidad arbitraria .
- ^ gpos : región teñida positivamente por bandas G , generalmente rica en AT y pobre en genes; gnega : región teñida negativamente por las bandas G, generalmente rica en CG y rica en genes; acen Centrómero . var : región variable; tallo : tallo.
- Notas
- Parte del texto de este artículo se tomó de http://ghr.nlm.nih.gov/chromosome=6 Archivado el 12 de agosto de 2007 en Wayback Machine (dominio público)
Otras lecturas
- Gilbert F (2002). "Cromosoma 6". Prueba genética . 6 (4): 341–58. doi :10.1089/10906570260471912. PMID 12537662.
enlaces externos
Wikimedia Commons tiene medios relacionados con el cromosoma 6 humano .
- Institutos Nacionales de Salud. "Cromosoma 6". Referencia del hogar de genética . Archivado desde el original el 12 de agosto de 2007 . Consultado el 6 de mayo de 2017 .
- "Cromosoma 6". Archivo de información del Proyecto Genoma Humano 1990-2003 . Consultado el 6 de mayo de 2017 .
- "Proyecto de investigación del cromosoma 6". Investigación impulsada por los padres para estudios de genotipo-fenotipo sobre los trastornos del cromosoma 6. Consultado el 17 de junio de 2017.