A mediados del siglo XVI se construyó allí un puesto de avanzada y en la década de 1650 los cosacos construyeron allí un fuerte para defender la zona contra los tártaros.
Pero ese mismo año, los tártaros se apoderaron de la ciudad, que fue capturada por los cosacos Kondratii Sulima.
Se cree que el monasterio era un cofre del tesoro; tenía 6.000 acres de terreno y numerosos edificios.
A finales del siglo XVII, Zmíyiv ya era un asentamiento bastante grande.
En 1688, 1692 y 1736 se llevaron a cabo ataques tártaros contra la ciudad.
Durante los combates contra las fuerzas gubernamentales, los insurgentes incendiaron Zmíyiv.
[6][5] En varios enfrentamientos los rebeldes fueron derrotados y muchos huyeron a la orilla derecha de Ucrania.
Zmíyiv cuenta con una estación de trenes que se inauguró en 1910 en la línea Járkov-Jórlivka.
La estación cuenta con un tren de cercanías conocido como elektrichka, que conecta Járkov, Merefa e Izium con paradas intermedias.