Zestafoni se ubica a orillas del río Kvirila, unos 30 km al sureste de Kutaisi.
Se conoce la existencia de la actual Zestafoni en documentos desde mediados del siglo XVI.
En 1820 se convirtió en la sede de un puesto militar cosaco y cambió su nombre a Kvirila, en referencia al río que pasa por la localidad.
Zestafoni fue, por tanto, una importante estación de tren, lo que impulsó su desarrollo posterior.
En 1920 su topónimo pasó a ser Yugueli en referencia al revolucionario Valiko Yugueli en tiempos de la República Democrática de Georgia y posteriormente, Kvrila pasó a llamarse oficialmente Zestafoni.
En la era soviética había más plantas que producían arcilla, mármol y ropa ignífugos.
Zestafoni está sobre la carretera E60 que lleva a Tiflis y la autopista Gomi-Sachjere-Chiatura.