Fue un afluente del Amu Daria, que debido a las numerosas tomas de agua en su curso, no llega al río más que de forma más esporádica.

Continuando en su camino hacia el oeste-noroeste, llega pronto a Samarcanda y su gran oasis.

Varios cientos de kilómetros al oeste, realiza un bucle amplio y gradual que conduce hacia el sudoeste.

En su curso superior en Tayikistán, el Zarafshán recibe las aguas del Fan-Daria, una importante vía fluvial que desemboca en la margen izquierda.

Las principales ciudades que bordea o atraviesa son: El caudal del río ha sido observado durante 63 años (1932-1995) en Dupuli, una localidad de la provincia de Sughd cercana a Panjakent.