Youngina y unas pocas formas afines fueron clasificadas en el orden Eosuchia (propuesto por Robert Broom en 1924).

[2]​ El espécimen holotipo de Youngina fue descrito brevemente a principios del siglo XX por Robert Broom.

[3]​ El espécimen "Youngoides romeri" fue atribuido inicialmente a Youngina,[4]​ pero más tarde se le dio su epónimo y una designación aparte en un artículo posterior.

[11]​[12]​ Youngina alguna vez fue considerado como cercanamente relacionado con Acerosodontosaurus, y más distantemente a los tangasáuridos (Kenyasaurus, Hovasaurus, Thadeosaurus, y Tangasaurus), pero la monofilia de los younginiformes no ha sido demostrada en los análisis publicados de los reptiles diápsidos, y es por tanto probable que el grupo sea parafilético.

[13]​ A continuación se encuentra un cladograma siguiendo el análisis de Reisz et al.