Durante la década de 1980 ascendería a la máxima categoría amateur, la Japan Soccer League.

Los aficionados del Flügels contrarios a la absorción crearon un nuevo club de fútbol, el Yokohama FC.

[1]​ En 1992, ANA Yokohama fue confirmado como uno de los diez participantes en la nueva liga profesional japonesa, la J. League.

Para cumplir con las condiciones exigidas, ANA llegó a un acuerdo conjunto de patrocinio con el conglomerado Sato Kogyo y se produjo un cambio de nombre: Yokohama Flügels, basado en la palabra alemana «Flügel» que significa «ala», en referencia a sus orígenes aeronáuticos.

Durante los tres primeros años alternaron la ciudad portuaria con algunos encuentros en las prefecturas de Nagasaki, Kumamoto y Kagoshima, hasta que en 1995 se instalaron definitivamente en el Estadio Mitsuzawa.

En la temporada 1993, los Flügels contrataron a estrellas internacionales en sus últimos años de carrera, entre ellos el paraguayo Raúl Vicente Amarilla y el brasileño Edu Marangon.

Al año siguiente vencería la Recopa de la AFC 1994/95, su primer título internacional, con un triunfo en la final ante el Al-Shaab emiratí por 2:1.

Al mismo tiempo, el equipo ganó los cuatro partidos de liga que le restaban desde el anuncio.

En 1999 comenzó a jugar en la Japan Football League y dos años más tarde fue aceptado en la liga profesional.

[14]​ Para conseguir un sistema profesional viable, la organización desarrolló un plan a largo plazo e impuso nuevas condiciones de participación a los clubes: promover el deporte en su comunidad, crear categorías inferiores, conseguir el apoyo de empresas locales y estar registrados como corporaciones dedicadas en exclusiva al fútbol.