Debutó profesionalmente en el partido contra Águilas Doradas juego correspondiente a la Copa Colombia 2016.

El 28 de septiembre marca su primer hat-trick como profesional dándole como visitantes la victoria 3 por 2 sobre Atlético Bucaramanga siendo la figura del partido.

En la temporada 2021, Yeison Guzmán fue fichado por Atlético Nacional, y debutó contra patriotas de Boyacá.

En el primer semestre destacó con varios goles, pero su equipo no clasificó a los cuadrangulares finales.

En los siguientes partidos también fue importante, dando varias asistencias y marcando un gol.