Vagner utilizó el nombre de Georg Wagner en sus publicaciones en revistas alemanas.

Su padre, de origen alemán, era abogado y funcionario, y su madre procedía de la aristocracia rusa.

Se propuso llegar a ser abogado como su padre, pero bajo la influencia de Alexander Záitsev se dedicó a la química.

En 1874, Wagner se graduó en química brillantemente y recibió una beca de dos años de preparación para una cátedra.

Después se fue en 1882 como profesor asistente a San Petersburgo, y posteriormente fue profesor del Instituto Forestal y Agrícola en Nowo-Alexandria, en Lublin, donde estableció un Laboratorio de Química Orgánica.