Años más tarde, los incas, con Huayna Cápac a la cabeza, iniciaron la invasión a los territorios que en la actualidad comprende el Ecuador, la cual culminó con la masacre en Yahuarcocha, la que ratificó la conquista y anexión territorial, al Tahuantinsuyo, que abarcó todo el territorio del Ecuador e incluso llegó hasta el sur de Colombia, el norte de Chile y Argentina.
Inicialmente forma parte de las campañas defensivas del Reino de Quito, al servicio del rey Hualcopo Duchicela, XIV Shyri, contra las fuerzas sureñas comandadas por Túpac Yupanqui, XII Inca del Perú, en el año 1460, y Huayna Cápac el grande, conquistador y pacificador que vino después.
En varias ocasiones sus pobladores lucharon denodadamente, aprovechando todos los recursos disponibles, cumpliendo con la consigna de morir con honra, defendiendo su señorío, antes que vivir como esclavos.
Son un honor para Yaruquí el esplendor y la magnificencia atribuidos a la última princesa Shyri, doña María Yaruquí, quien abandonó su señorío y se dio a una vida santa, sin salir jamás de Quito, donde eligió una casa de huérfanos y murió con fama de santidad en el año 1700.
En la colonia, Yaruquí fue constituida como parroquia eclesiástica mediante Decreto General del segundo obispo de Quito, el dominico fray Pedro de la Peña, luego del sínodo celebrado en 1570.