Formó parte del Imperio Español desde 1606 hasta 1663 junto a la Provincia de Papúa Occidental y Nabire.
Luego pasó a formar parte del Imperio neerlandés, como gran parte de la isla de Nueva Guinea Occidental hasta la total independencia de Indonesia tras la invasión japonesa durante la Segunda Guerra Mundial.
Yapen Waropen está formado por dos territorios principales: la isla de Yapen y la parte continental de Waropen, y su superficie abarca 18.998 km², situados entre las coordenadas 1°27′S 135°33′E / -1.450, 135.550 y 2°50′S 135°33′E / -2.833, 135.550.
Limita con cuatro kabupaten: La capital es Serui, situada en el subdistrito de Selatan.
Yapen Waropen se divide en cinco subdistritos: