Otros grupos étnicos como los austronesios poblaron sus costas en torno a 1500 años a. C., y más adelante malayos, indonesios, chinos e indios a lo largo de la Edad Media y de la Edad Moderna, si bien casi no se adentraron en el interior de las tierras.

Indonesia ha sido acusada de realizar una campaña genocida[2]​[3]​ contra los habitantes indígenas.

Sin embargo, la corte admitió que, ya que la provincia de Irian Jaya Occidental había sido ya creada, debía permanecer separada de Papúa.

[9]​[10]​ La otra provincia conservó el nombre oficial que había adquirido en 2002, Papúa.

El cambio es ampliamente desaprobado en la propia Papúa, donde se ve como una violación del estatuto de autonomía especial con que cuenta Papúa, y como una maniobra destinada a debilitar el movimiento separatista papuano.

Para los movimientos independentistas papúess, el nombre Papúa Occidental se refiere a las dos provincias indonesias de la isla de Nueva Guinea, que forman su mitad occidental y que pretenden reunificar en un solo Estado independiente.