Dirigió numerosas excavaciones, principalmente en la isla de Creta, donde destacan sus trabajos en Arjanes, en la Cueva del Ida y en Zóminthos.

Entre los hallazgos de Anemospilia se encontraron restos humanos en un contexto tal que Sakellarakis interpretó como una prueba de que en la civilización minoica se practicaban sacrificios humanos.

A menudo trabajó junto con la arqueóloga Efi Sapouna, que fue también su esposa.

Entre sus publicaciones más destacadas pueden citarse Κρήτη Αρχάνες (junto con Efi Sapouna, 1994) y Κύθηρα.

Το μινωϊκό ιερό κορυφής στον Αγιο Γεώργιο στο Βουνό (publicado póstumamente, en 2012).