A esta "caja de cambios apilada" le siguieron otros fabricante.
El basculante podría alargarse sin comprometer la distancia entre ejes total, que era de 1.385 mm (54,5 pulgadas).
Cuatro carburadores Keihin CV de 40 mm alimentaban el motor con combustible.
Esto creó un motor de alta potencia y alto par.
El 1999 R1 solo vio cambios menores, aparte de la pintura y los gráficos.
Con 127,8 hp (95,3 kW) en la rueda trasera, potencia máxima se mantuvo igual, pero los cambios en el sistema de gestión del motor estaban destinados a dar como resultado una distribución de potencia más suave y amplia.
La carrocería seguía siendo inconfundiblemente R1, aunque se hicieron algunos cambios que dieron como resultado una reducción del 3% en el coeficiente de resistencia .
El asiento se extendió más hacia la parte trasera del tanque y la nueva posición de asiento más empinada puso un peso adicional en la parte delantera.
Los árboles de levas rediseñados se aligeraron y utilizaron vías internas de aceite para lubricar los muñones que, cuando se combinaban con una holgura reducida del taqué , proporcionaban menos fricción y generaban menos ruido en el motor.
Con una potencia similar a la de la bicicleta 2000-2001, el motor se mantuvo prácticamente igual.
El sistema de enfriamiento fue rediseñado para un mejor desempeño y compacidad.
Esto también brindó posibilidades adicionales del mercado posterior, como quitar las luces direccionales delanteras y usar estas luces delanteras como marcadores direccionales o de peligro mientras está parado.
Combinado con los cambios en el cuadro, esto ayudó a eliminar la tendencia del manillar a temblar violentamente durante una aceleración o desaceleración rápida en superficies menos que perfectas, un fenómeno conocido como oscilación de velocidad o golpe de tanque .
John McGuinness ganó la carrera sénior en el TT Isla de Man 2005 .
El basculante se extendió 20 mm (0,79 pulgadas) para reducir la inestabilidad de la aceleración.
Las ruedas Marchesini de aluminio forjado personalizadas diseñadas específicamente para la LE redujeron casi una libra del peso no suspendido.
A finales de 2008, Yamaha anunció que lanzaría una R1 totalmente nueva para 2009.
[cita requerida] Al igual que con la encarnación anterior del R1, el modelo 2009 usó Yamaha Chip Control Throttle (YCC-T).
Para mejorar el manejo y la seguridad en general, Yamaha incluyó un amortiguador de dirección electrónico.
[4] Motorcycle Consumer News informó una velocidad máxima probada de 176,7 millas por hora (284,4 km/h).