Ocupó durante varios años la presidencia de FENALTRASE (Federación Nacional de trabajadores al servicio del Estado); y sostuvo vínculos con la CUT y la USO.

En diciembre de 2000 fue víctima de un atentado en el que resultó herido;[3]​ por estos hechos fue condenado a 27 años y 9 meses de prisión el mayor del Ejército César Maldonado Vidales quien actuó en complicidad con grupos paramilitares.

[4]​ Luego del atentado decide incursionar en la política electoral presentado su candidatura a la Cámara de Representantes por Bogotá en las elecciones de 2002 en representación del Frente Social y Político; resultó elegido con un total de 32.028 votos.

[2]​ Para las elecciones de 2010 postuló su nombre al Senado, pero no obtuvo votación suficiente para alcanzar una curul.

[5]​ Sin embargo la Corte, al considerar que la recolección de los computadores del extinto líder de las FARC se dio de forma irregular y al no hallar ninguna prueba válida sobre la supuesta relación entre Borja y el grupo guerrillero, absolvió al líder sindicalista en mayo de 2011.