Dedicó su vida profesional a la práctica de la física en Londres, pero personalmente se centró en la investigación química.En 1827, propuso la clasificación de las sustancias alimenticias en carbohidratos, grasas y proteínas.Prout contribuyó a la mejora del barómetro y la Royal Society de Londres adoptó su diseño como un estándar nacional.Prout escribió el octavo de los Bridgewater Treatise, Chemistry, Meteorology, and the Function of Digestion, considered with reference to Natural Theology.[3][4] En 1814, Prout se casó con Agnes Adam de Edimburgo, Escocia, con la que tuvo seis hijos.
