Es nombrado doctor en leyes a título honorario por la Universidad de Edimburgo, en 1871.
Fue miembro de diversas sociedades científicas como la Royal Society a partir de 1844 y recibe la "Real Medalla" en 1861; y la medalla Lyell en 1883.
Fue autor de numerosas publicaciones en zoología y en botánica.
Desarrolló una teoría sobre la circulación de las corrientes marinas.
La abreviatura Carpenter se emplea para indicar a William Benjamin Carpenter como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.