Era hijo de Kaspar von Roggendorf, y por lo tanto miembro de la antigua familia von Roggendorf de Estiria, que gobernaba en la Baja Austria desde mediados del siglo XV.
Wilhelm von Roggendorf estuvo al servicio de los Habsburgo desde 1491.
Tras regresar a Guipúzcoa, participó en la recuperación de Fuenterrabía.
En los años siguientes tuvo un papel influyente en la corte austriaca como obersthofmeister ('mayordomo mayor').
Dimitió en 1539, pero regresó como comandante de las fuerzas imperiales en Buda durante su asedio por los turcos (1541), que terminó en desastre, cayendo la ciudad en manos de estos.