Aunque se formó como médico clínico, dedicó su carrera a la biología experimental.

Su metodología consistía en interferir en embriones en desarrollo y observar el resultado.

Su objetivo era demostrar el funcionamiento de los procesos darwinistas a nivel celular.

En 1885 Roux extrajo una sección de la placa medular de un pollo embrionario y lo domesticó en una solución salina caliente durante 13 días, estableciendo el principio del cultivo de tejidos[3]​ que más tarde retomarían Ross Granville Harrison y Paul Alfred Weiss.

Esto le llevó a proponer su teoría del «mosaico» de la epigénesis: tras unas pocas divisiones celulares, el embrión sería como un mosaico en el que cada célula desempeñaría su función única en el diseño completo.