En 1913 fue elegido miembro de la National Academy of Sciences y la American Philosophical Society.

La Primera Guerra Mundial fue un tiempo difícil para Harrison, dadas sus creencias pacifistas y su vínculo con Alemania, tanto por su mujer como por los estudios que allí había realizado.

No obstante, Harrison continuó con sus investigaciones embriológicas en torno a las simetrías del desarrollo.

Harrison logró cultivar con éxito neuroblastos de rana en un medio linfático, dando el primer paso hacia la investigación moderna sobre las células madre.

Ya jubilado, Harrison fue llamado en varias ocasiones para actuar como consejero del gobierno de los Estados Unidos.