También descubrió la vía química responsable de la conversión enzimática del fosfito en fosfato.
[5] También fue elegido para recibir el Premio Pfizer 2004 de la American Chemical Society (ACS)[6] y fue nombrado Becario Universitario para el año académico 2004–2005.
[7] A principios del siguiente curso académico, van der Donk fue seleccionado para recibir el premio Arthur C. Cope Scholar Award 2006 de la ACS por su trabajo para responder a "antiguas preguntas sobre la acción de la enzima (COX-2) en la respuesta fisiológica del cuerpo a las lesiones e infecciones y para dilucidar el mecanismo por el que ciertas enzimas hacen menos tóxicos los contaminantes de clorocarbono".
[7] Como profesor de química, van der Donk fue nombrado investigador del Instituto Médico Howard Hughes en 2008 para identificar y explotar nuevas clases de compuestos con potencial como antibióticos.
[17] Durante la pandemia de COVID-19, van der Donk comenzó a investigar cómo evitar que el virus CoV-2 entrara en las células humanas.