Con el Departamento de Justicia encima, Peter y Neal son encomendados a atrapar a un renombrado ladrón, quien tiene en la mira a los bancos más prestigiosos de Nueva York.

vengarse de Fowler, Peter y Diana reúnen pistas para dar con el responsable de la explosión, esas pistas los llevan a Julian Larssen, un matón que, tras ser capturado, revela que quien realmente está detrás de todo es Vincent Adler, un viejo conocido de Neal.

Se revela también que la importancia de la caja de música radica en que dentro de ella se encuentra un código que Mozzie logra descifrar y que es la pista para construir una antena fractal, que serviría para localizar un antiguo submarino de guerra alemán.

La relación entre Peter y Neal se vuelve cada vez más de "padre e hijo", incluso Neal le revela cosas de su pasado.

Al final de la temporada, Neal y Adler se vuelven a encontrar frente a frente y ajustarán todas las cuentas pendientes.