Esta versión original se diseñó inicialmente como herramienta para analizar datos procedentes del dominio de la agricultura,[5][6] pero la versión más reciente basada en Java (WEKA 3), que empezó a desarrollarse en 1997, se utiliza en muchas y muy diferentes áreas, en particular con finalidades docentes y de investigación.
Todas las técnicas de Weka se fundamentan en la asunción de que los datos están disponibles en un fichero plano (flat file) o una relación, en la que cada registro de datos está descrito por un número fijo de atributos (normalmente numéricos o nominales, aunque también se soportan otros tipos).
Weka también proporciona acceso a bases de datos vía SQL gracias a la conexión JDBC (Java Database Connectivity) y puede procesar el resultado devuelto por una consulta hecha a la base de datos.
[7] Un área importante que actualmente no cubren los algoritmos incluidos en Weka es el modelado de secuencias.
Knowledge Flow («flujo de conocimiento») es una interfaz que en esencia implementa las mismas funciones que Explorer, y además permite "arrastrar y soltar".