En 1920, había impugnado a un jurado que absolvió al anarquista Sergie Zuboff.
En el proceso, lleno de irregularidades protagonizadas por el juez Thayer, que no se privó en ningún momento en mostrar su hostilidad personal a los acusados a causa de su ideología y origen italiano, presionando de una manera vergonzosa al jurado; tanto Sacco como Vanzetti fueron encontrados culpables y condenados a muerte.
Un periodista del Boston Globe dijo que el juez Thayer "se manejó de forma indigna, y de una manera que no se había visto en treinta y seis años."
[3] Thayer salió ileso, pero su esposa y ama de llaves resultaron heridas en la explosión.
[3] Thayer vivió el resto de sus días con custodia policial permanente durante las 24 horas del día.