La aerolínea tiene su base de operaciones en el Aeropuerto Internacional Jorge Chávez.

Wayraperú nace de la iniciativa de 2 grandes conglomerados empresariales: Fondo de Inversiones Sustentables, y el Grupo Synergy Aerospace, sociedad con operaciones aéreas en Colombia (Avianca), Ecuador (VIP S.A) y Brasil (Avianca Brasil).

Entre los destinos de Wayraperú se encontraban: Lima, Arequipa, Tacna, Cusco, Trujillo, Talara, Cajamarca, Iquitos, Pucallpa, Puerto Maldonado, Tarapoto, Chiclayo, Tumbes y Piura.

A finales del 2017 se anunció el lanzamiento de WayraPerú (nombre comercial), pero esta vez bajo la razón social Wayra Musoq S.A.C., como única propietaria.

[1]​[2]​[3]​[4]​ Wayra comenzó sus operaciones en el Aeropuerto Juan Simons Vela de la ciudad de Rioja, siendo recibido con gran entusiasmo por toda la zona del Alto Mayo.